石灰具有显著的消毒杀菌作用，并含有丰富的钙元素，在食用菌生产中有广泛的用途。
一是在场地上应用，包括菌种培养室、出菇场地、四周环境。首先清除场地四周杂草，撒一层石灰粉，然后将培养室打扫干净，喷常规杀虫药物，再撒一层石灰粉，这样能杀灭部分杂菌，同时也能防止害虫侵入场地为害。
二是在培养料中应用。大部分食用菌都能在微碱性的培养料中正常生长，除猴头菌等喜酸性菌种外，在培养料中加入1%～2%的石灰，可基本控制生料栽培中的杂菌污染。实践证明，生料栽培平菇，加入2%的石灰与不加石灰对比，前者杂菌污染率在2%以下，后者高达20%～30%，因为未加石灰的料经堆制发酵后酸性偏大，pH值一般在5以下，适宜各类杂菌的滋生，易引起杂菌暴发性污染，而加入石灰的培养料呈碱性，发酵后可保持pH值8左右，杂菌较难生长，从而达到控制杂菌的目的。另外，由于石灰含有大量的钙元素，使用后菌丝粗壮洁白，同时还可增强菌块的结实性，提高产量。
三是在防鼠灭虫中的应用。由于菌丝有特殊的香味，老鼠非常喜欢吃，如果在药物防鼠的基础上配合使用石灰，具有事半功倍的效果，在发菌室出入口，撒一行石灰粉，老鼠会因吸入石灰而止步不前。
