轮作是烟草优质适产栽培的基础，也是其他农业生产措施得以贯彻的前提。轮作可在一定程度上调节和提高土壤肥力。不同作物对各种营养元素的吸收能力不同，如若安排恰当，则可相互补充。例如，烟草是对钾素要求较高的作物，而小麦是需氮较多的作物，将小麦作为烟草的前作，有利于烟草的养分平衡、产量的稳定和品质的提高。在水旱交替的耕作措施下，烟稻轮作能促进土壤中好气性微生物的活动，提高土壤中养分的有效性，烟草产量和质量有保证，水稻产量也有增加的趋势。
烟草的轮作还可减轻或避免烟草的部分病虫危害。烟草的一些病害如根、茎病害（黑胫病等）的病原菌可在土壤中的病株残体上存活3年以上，如果将烟草与禾谷类作物轮作，隔2～3年再种植烟草，可以使这些病原菌因得不到适当寄主而死亡，从而大大减轻其危害。水旱轮作可使许多病原菌在土壤中的存活年限大大缩短，减少危害。
烟草轮作必须从全局出发，着眼长远，突出重点，统筹兼顾。首先，应明确以烟草为重点，在作物布局和养分配置上必须优先考虑保证烟叶的良好品质和产量的相对稳定，确定以烟草为主体的种植制度。其次，轮作制度既要考虑眼前利益，又要考虑长远的发展，力求充分发挥当地的自然和社会经济条件的生产潜力。再次，在决定烟草轮作周期和烟草在轮作中的顺序时，必须根据当地的实际情况，因地制宜地进行灵活安排。
就一个轮作田区而言，每轮换一次完整的顺序所需要的时间称为轮作周期。轮作周期的长短主要是由组成轮作的作物种类多少、主要作物面积的大小以及轮作中各类作物耐连作的程度决定的。烟草为忌连作作物，轮作周期较长为好；轮作周期过短，难以充分发挥轮作的作用。但烟草轮作周期过长，又受宜烟面积的限制。从防病角度考虑，烟草轮作周期一般为二年，即三年两头种烟，年种烟面积占宜烟面积的1/2～1/3为好。
烟草轮作周期中，如何配置适宜的前作关系到轮作效果。选择烟草的前作要注意三个问题。首先，茬口的时间要适宜，即前作的正常收获不影响烟草及时移栽。其次，施用氮肥过多的作物（如蔬菜等）不宜为烟草前作。茄科作物（如马铃薯、番茄、茄子等）和葫芦科作物（如南瓜等）不宜为烟草前作，因为它们与烟草具有相同的病害。禾谷类作物是烟草良好的前作，因为禾谷类作物和烟草的共同病害较少，轮作可以减轻病害；禾谷类作物从土壤中吸收的氮素较多，这对提高烟叶品质有利。
烟草的后作主要是禾谷类作物或油菜，在少数地区为豆类、甘薯等。烟草为上述作物良好的前作。因为烟草与这些作物没有相同的病害，同时烟草是中耕作物，耕作管理细致，施肥也较多，对土壤肥力具有良好的影响。
水旱轮作主要在各烟区可种植水稻的田块上进行。这种轮作方式虽然所占面积不大，但到烟草全面实行轮作后，田烟的面积会有所增加。水旱轮作的烟区轮作作物主要有水稻、油菜、蚕豆等，部分水旱轮作烟区还种植洋葱、大蒜等作物，这类烟区的水利条件较好，灌溉条件方便，土壤肥力多为中等或偏高，土壤的质地多为壤土或偏重，年度间产量和质量较为稳定，但要注意控制肥料用量，做好施肥量调控和水分调控，就能生产出优质的烟叶。水旱轮作主要有三年六熟和二年四熟两种方式。
旱地轮作烟区因旱地作物种类多，轮作方式较为复杂。与烟草轮作的作物主要有：小麦、玉米、豆类、红薯、洋芋、辣椒、大麦等，这类烟区的水利条件多较差，灌溉条件不方便，土壤肥力中等或偏低，土壤的质地多为壤土或偏沙，年度间产量和质量不稳定，受天气的影响较大，需要改善生产条件，增强抵御自然灾害的能力。
