防潮湿结块化肥因吸湿而引起的潮湿或结块，是贮存中比较普遍的问题，空气湿度愈严重，应把肥料放在干燥、阴凉的仓库里，堆垛离墙要有30～50厘米的距离，仓库的温度在30℃以下，相对湿度以40%～70%为宜。
防养分挥发对于稳定性较差的化肥，如碳酸氢铵必须包装严实，保持干燥，防止阳光直射。使用时应随开随用，用完一袋再拆一袋，用剩的肥料要扎紧袋口。对氯化铵、硫酸铵、硝酸铵、碳酸氢铵等铵态氮肥，要注意不与碱性肥料同库混存，以减少氮素损失。
防腐蚀损害化肥一般都具有腐蚀性，特别是过磷酸钙、氯化铵等酸性肥料，在贮存过程中极易产生挥发酸，不要把农机具如喷雾器、犁、铁桶等与化肥长期放在一起，以防腐蚀损坏。
防中毒发生不能把碳酸氢铵、尿素、硝酸铵、过磷酸钙等化肥与种子放在一起贮存，否则会影响种子发芽率，严重时会使种子失去发芽能力。除此以外，不能将食物、农药、饲料、菌种和化肥混存，以免发生中毒事故。
防起火爆炸硝酸盐类化肥在贮存时要特别注意严禁烟火，切勿和易燃物品堆放一起。一旦着火，不能使用各种化学灭火剂，应先用砂土压盖再用水扑灭。
