可以使养分供应更全面持久化肥养分含量高，肥效快但持续时间短，养分单一；农家肥大多养分种类丰富，但含量低、肥效慢而持续时间长。因此，将化肥与农家肥混合施用可以取长补短。
可以减少养分被固定，提高肥效化肥尤其是磷肥施入土壤后容易被土壤固定，从而降低了养分的有效性。若与农家肥混施，可以减少化肥与土壤的接触面，从而减少被土壤固定的机会，提高肥效。
可以保蓄养分，减少流失化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水的吸收，增加了养分流失的机会。如与农家肥混合施用，就可以改善作物对养分的吸收，减少养分损失。
可以调节土壤酸碱度，改良土壤结构农家肥可以提高土壤的缓冲能力，调节酸碱度，使土壤酸性不至于过高。
可以促进微生物活动，增加土壤养分，提高土壤活力农家肥是微生物生活的原料，化肥供给微生物生长发育的无机营养。化肥与农家肥混用能促进土壤中微生物的活动，进而促进有机肥的分解，增加土壤养分，同时还会使土壤有机质不断更新，改善土壤理化性质。
