微生物肥料是指特定微生物菌种培养生产具有活性的微生物制剂。它无毒无害，不污染环境，通过特定微生物的生命活动，增加植物的营养或产生植物生长激素，促进植物生长。根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，可分成五类：①根瘤菌肥料：能把豆科植物根上形成根瘤，可同化空气中的氮气，改善豆科植物的氮素营养。有花生、大豆、绿豆等根瘤菌剂。②固氮菌肥料：能在土壤中和很多作物根际固定空气中的氮气，为植物提供氮素营养；又能分泌激素刺激植物生长，有自生固氮菌，联合固氮菌等。③磷细菌肥料：能把土壤中难溶性磷转化为作物可以利用的有效磷，改善作物磷素营养。有磷细菌、解磷真菌、菌根菌等。④硅酸盐细菌肥料：能对上壤中云母、长石等含钾的铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放出钾、磷与其他灰分元素，改善作物的营养条件。有硅酸盐细菌、其他解钾微生物等。⑤复合菌肥料：含有两种以上的有益微生物（固氮菌、磷细菌、硅酸盐细菌）和其他一些细菌，它们之间互不拮抗，并能提高作物一种或几种营养元素的供应水平，且含有生理活性物质。
施用微生物肥料，就是通过人工接种方法，把微生物肥料中大量有益微生物加入到农作物根际和土壤中。通过它们的活动来提高土壤肥力，刺激作物生长和抑制有害微生物的活动。因此，微生物肥料中有效活菌的数量是微生物肥料质量的重要标准之一，必须符合农业部质量标准。
目前在我国蔬菜上应用的微生物肥料种类繁多，效果各异。如肥力高、EM菌、菌根等。可作基肥、追肥或拌种。由于微生物肥料对施用技术、环境条件要求很严格，故效果很不稳定。使用时应严格按使用说明的要求操作。但从保护生态环境，发展无公害蔬菜的长远观点出发，微生物肥料对减少蔬菜硝酸盐含量，改善品质均有明显效果。因此，研制和应用微生物肥料前景广阔，要积极推广应用。
