在施肥时，如果单独施用化肥或有机肥或生物菌肥，都不能使蔬菜长时间保持良好的生长状态，这是因为每种肥料都有各自的短处：化肥养分集中，施入后见效快，但是长期大量施用会造成土壤板结、盐渍化等问题；有机肥养分全，可促进土壤团粒结构的形成，培肥土壤，但养分含量少，释放慢，到了蔬菜生长后期不能供应足够的养分；生物菌肥可活化土壤中被固定的营养元素，刺激根系的生长和吸收，但它不含任何营养元素，也不能长时间供应蔬菜生长所需的营养。
了解了每种肥料的短处，可以得出这样的结论：化肥、有机肥、生物菌肥配合施用效果要好于单独施用。但要想达到较佳的施肥效果，配合施用时就应注意以下几方面：
首先，注意施用时间。有机肥见效慢，应提早施用，一般在蔬菜播前或定植前一次性基施，施用之前最好进行充分腐熟，后期追施效果不如作基肥明显。化肥见效快，作基肥时提前7天左右施入，作追肥时应在蔬菜营养临界期或吸收营养高峰期前施入，以满足其所需。生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在蔬菜定植前提早施入，使其有繁殖壮大的时间。生物菌肥可随有机肥一起施入土壤，也可在定植前或定植时穴施。
其次，注意施用方法。有机肥主要作用是改良土壤，同时提供养分,一般作为基肥施入土壤，所以要结合深耕施入，使土壤与有机肥完全混匀，以达到改良土壤的目的。因为有机肥中的养分以氮为主，所以施基肥时，与有机肥搭配的氮肥可少施，氮肥的30%作基肥，70%作追肥。钾肥可作基肥一次性施入。磷肥因移动性差，后期追施效果不好，也应作基肥施入土壤。追施的化肥最好用全溶性速效肥，这样肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴内或随有机肥基施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，增强其解磷解钾能力，提高防病效果。
最后，注意施用数量。不同的蔬菜不同生育期，所需肥量不同，不能多施也不能少施。蔬菜对营养元素的吸收是有一定比例的，如番茄所需要的氮、磷、钾比为1∶0.23∶1.52，茄子为1∶0.23∶1.7，辣椒为1∶0.25∶1.31，黄瓜为1∶0.3∶1.5。因此，施肥应根据蔬菜的不同需肥比例进行。但是因土壤中已含有一些营养元素，所以最好进行一次测土，按测土配方施肥建议进行。
