贮藏核桃可装入布袋吊在室内，也可装在麻袋或篓内，还可用围囤等。贮藏的地方必须冷凉、干燥、通风、背阴，有条件的地方放在冷库中低温贮藏效果更好。如采用塑料薄膜帐密封贮藏，在北方地区，冬季气温低，空气干燥，一般条件下产品不发生明显的质量现象，所以秋季入帐的核桃，不需立即密封，从次翌2月下旬气温逐渐回升时，开始用塑料薄膜帐进行密封保存。密封应选择温度低、空气干燥的时候，这时产品不易发生生霉现象。
帐内通入二氧化碳，核桃在较高浓度的二氧化碳中可抑制呼吸，减少损耗，同时可抑制霉菌的活动，防止霉烂。如果二氧化碳浓度达到百分之50以上，还可以防止油脂氧化而产生败坏及发生虫害。帐中充氮也有同样的效果，并可以在一定程度上防止衰老。充氮贮藏25周后，仍然有较好的质量，而在空气中的就变得酸败发暗。
在24摄氏度保存30天后，含水量为百分之3．3的核桃，若包装在聚乙烯袋内，在0至1摄氏度条件下能保持品质1年以上。
为了防虫，在贮藏时要注意适当的防虫处理。用二硫化碳在密封室内或箱、坛中密闭18至24小时；或用溴甲烷熏蒸，用药每平方米40至56克，熏的时间为3．5至10小时。此外，用二氧化硫、磷化铝熏蒸也有效。
