西瓜的贮藏温度应根据栽培地区和贮期的长短而定。在不产生异味的前提下，贮藏温度愈低，肉质风味愈好，但容易出现冷害，影响外观，降低商品价值。在低温下贮藏时间愈长，愈容易出现冷害。冷害的症状是：果实表面出现不规则的小而浅的凹陷斑。冷害严重时，果肉颜色变浅，纤维增多，风味变劣。冷害症状常常在出库升温后变得更加明显。西瓜出现冷害的阈值（界限）温度，上海地区为10℃，北京地区为12．5℃，黑龙江地区为11℃。在此温度下贮藏，不产生冷害。因此，贮藏期短时，可用较低温度贮藏，在贮藏期达20天以上时，贮藏温度应在阈值以上，以避免冷害发生，或者采用贮前高温（26℃，4天）预贮，也可避免冷害。在贮期1个月左右时，14～16℃是安全温度，但须采取防腐措施。
耐贮品种有中肯10号、丰收2号、新澄、蜜桂、浙蜜等；耐贮性较差的品种有早花、石红1号、湘蜜、苏蜜、中育1号、琼露等；新红宝对冷害敏感，对贮藏条件要求较高。
