农作物施用菌肥有以下特殊功效：
1、提高化肥利用率的作用。随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。金宝贝菌肥在解决这方面问题上有独到的作用。采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2、在绿色有机食品生产中的作用。随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用(或限量使用)化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。金宝贝菌肥基本符合以上三原则。近年来，在全国各地的使用情况来看，金宝贝不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
3、环保中的作用。利用金宝贝的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。
4、改良土壤作用。金宝贝菌肥中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，从而能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
