不要在敏感作物施用。不同作物和品种对氯的忍耐性的差异很大。因此，含氯化肥应优先施用于水稻、大小麦、油菜、菠菜、萝卜、豆类、番茄等耐氯性强或中等耐氯的作物上；对耐氯性弱的作物，如烟草、茶叶、莴苣、柑桔、葡萄等，一般禁忌施用含氯化肥、此外，同一类作物不同品种抗氯性有差异，如水稻品种之间，以杂交稻耐氯性最强，常规早稻耐氯性较弱；且作物的氯敏感期多在苗期，如水稻在3～5叶期；小麦在2～5叶期，大白菜、小白菜和油菜在4～6叶期。因此，即使是耐氯作物，也要根据品种和生育时期对氯的忍耐性决定是否施用含氯肥料，尽可能地规避“氯害”。
要防止氯离子在土壤中富积。含氯化肥适宜在多雨季节或降水较多的地区施用，以利用雨水的冲淋，让较多的氯离子随水淋失，防止在土壤中富积，从而有效地避免作物的“氯害”。因此，无灌溉条件下的旱地、排水不良的盐碱地和高温干旱季节以及缺水少雨地区最好不施或少施含氯化肥。
要与腐熟的有机肥等配合施用。在施用含氯化肥时，配合施用腐熟的有机肥，可以提高含氯化肥的肥效，减轻氯离子的不良影响；在有效磷含量低的土壤中，氯离子对作物吸收磷有抑制作用，往往造成作物生长磷素营养的缺乏，故施含氯化肥时应注意配施适量的磷肥；用含氯化肥与尿素、磷酸铵、过磷酸钙、钙镁磷肥等配制而成的复（混）合肥、配方肥，不仅可以减轻氯离子的危害，而且由于氮、磷、钾得到配合使用，可起到平衡施肥的效果。
要掌握科学的施用方法。含氯化肥可作基肥或追肥，但不宜作种肥。做基肥时应提早深施并盖土，一般在播种或移苗前一个星期施用，施在种子或幼苗下侧，以距表土5～7厘米处为宜。作追肥时，可采取兑水或兑稀粪尿水浇淋的方法穴施或条施（切忌散施），并与作物植株相距5～10厘米。含氯化肥苗期施用量不宜过大，中、后期需大量施用时，可根据作物生长情况在2～3次追肥，间隔期15～20天。
