农家肥不能与草木灰、石灰氮、石灰、钙、镁、磷肥等碱性肥料混用。人畜粪便中的主要成分是氮，与强碱性肥料混用，则会因中和而失效。
过磷酸钙不能与草木灰、石灰氮、石灰、等碱性肥料混用，否则会降低磷的有效性。磷矿粉、骨粉等难溶性磷肥，也不能与草木灰、石灰氮等碱性肥料混用，否则会中和土壤内的有机酸类物质，使难溶性磷肥更难溶解，作物无法吸收利用。
钙镁磷肥等碱性肥料不能与铵态氮肥混施，碱性肥料若与铵态氮肥料如碳氢铵、硫酸铵、硝酸铵等混施，则会增加氮的挥发损失，降低肥效。
未腐熟的农家肥不能与硝酸铵混施，否则未腐熟的农家肥，在分解腐烂过程中氮素会受损失，降低肥效。
化学肥料不能与菌肥混用，化学化肥有较强的腐蚀性，挥发性和吸水性，若与根瘤菌等细菌肥料混合使用，会杀伤或抑制活性菌体，使菌肥失效。
