首先，要确保土壤不含病原体，可进行以下处理：一是换新土或充分在野外轮作；二是加强管理，保证良好的生长条件。如需进行土壤处理，则应一年一次，主要采用蒸汽、浸泡或使用化学等方法对土壤消毒。具体采用哪种方法要视温度、使用持续时间和浓度而定。
蒸汽方法 对25厘米至30厘米深的土壤，用80℃的蒸汽消毒至少1小时，弱压蒸汽效果好于强压蒸汽。蒸汽消毒可防治除腐霉病以外的其他病害。蒸汽消毒再辅以施加特殊的杀菌剂，除菌效果更好。但对pH较低的淤泥土，蒸汽导致其中有害物质锰超标，只有加人适量石灰调节pH值或短期蒸汽，才能使锰含量限制在标准值范围内。
浸泡方法 在温室中采用此方法消毒土壤，第一步，在5月播种两色蜀黍等作物；第二步，6月中旬，当植株约50厘米高时，将土层深犁于20厘米处，随后每1000平方米土壤施放100千克硝酸钙。7月底，作成宽60厘米至70厘米的畦后，灌水并覆盖薄膜。2周至3周后，用旋耕机处理土壤并检查pH值和电解质浓度。
化学方法 如果条件允许，可用杀菌剂和化学药剂来消毒土壤。采用这种方法，应在土壤温度不低于10℃至12℃时进行，随后覆盖薄膜。温暖的天气3天，冷凉天气7天至10天后，将薄膜去除。
其他方法 腐霉菌再生能力很快，因此一年进行一次普通土壤处理是不够的。为控制真菌的生长，每次种植前还要使用杀菌剂进行防侵染处理。为散布均匀，将可湿性粉剂与沙子混合，然后用手撒播，或加温水用粗嘴喷壶喷射，其作用效果可至土表下15厘米至20厘米处。人工或使用旋耕机使杀菌剂与土壤混合均匀非常必要。
