商品有机肥是以畜禽粪便、动植物残体等富含有机质的资源为主要原材料，采用工厂化方式生产的有机肥料。与农家肥相比，具有养分含量相对较高，质量稳定的特点。主要有：精制有机肥、有机无机复混肥和生物有机肥。有机无机复混肥是在有机肥中加入了速效化肥，属养分较高的肥料；生物有机肥是指由特定功能微生物与经过无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的肥料。
商品有机肥一般作底肥施用，也可以用作追肥。在用法上，根据土壤肥力不同推荐量应有所不同，对高肥力新菜田（有机质>2%），可以控制精制有机肥用量在300-500公斤左右/亩；中肥力新菜田（有机质1.5%-2%）可亩施用1吨精制有机肥；低肥力新菜田（有机质<1.5%）要强化培肥力度，亩需要精制有机肥约1-2吨。有机肥做底肥时，配合施用少量的氮磷钾复混肥或磷钾肥，做底肥施入效果会更佳。
有机无机复混肥，其养分含量较高，作底肥的用量应少于精制有机肥；在作物生长中期还可根据情况做追肥施用。而生物有机肥则一般应配合农家肥或商品有机肥施用，效果更好。
