苗床培肥的实质是提高苗床内腐殖质的含量。因为腐殖质不仅能使土壤形成较好的团粒结构，使苗床疏松通气，而且由于腐殖质分解释放出的铵态氮，在土壤内分布均匀，浓度低，肥效长，能使秧苗叶片保持较高的含氮浓度，长期维持较高的同化能力。因此，培肥的方法是施大量的稻麦秸秆和有机肥。
床土培肥以在秋冬季节施用充分腐熟而有机质含量丰富的农家肥最为理想。特别是对于新选定的苗床，尤其是在最初的2—3年，应提倡在每年的秋冬季节培育床土。
目前有一种三段（期）培肥法，分别在秋冬季、春季和播种前分三次对苗床进行培肥。秋冬季培肥用秸杆培肥，春季培肥用有机肥料，播种前培肥是在前两期施足有机肥料的基础上再次施用化肥。
秋冬季培肥的具体方法为：
首先，在床地四周开好深沟(50厘米以上)，以利于排水。在床地面积大时，除围沟外，还应在床地中间设置排水沟，以使雨后床地内不易积水。
其次，在初秋至晚秋将肥料(每亩苗床约用3000千克稻麦秸秆、1000—1500千克畜栏肥及150千克过磷酸钙)分3次按下列作业方式混入到床土中：施肥一翻地一施肥一翻地一施肥一翻地。在施肥前，将稻麦秸秆先切成10厘米左右的小段，使用的畜栏肥要求充分腐熟，并且在翻施混合过程中要求床土与肥料充分混合均匀，肥料混入的深度在10—15厘米左右。
培养2—3年后，培肥床土所需的肥料用量可适当减少到每亩用稻麦秸秆与畜栏肥各1500千克左右及60千克过磷酸钙。培肥作业完成后可在苗床地上种植冬季养地作物作绿肥，在开花期将其翻入床土中，但在种植过程中，要注意除草，不能把杂草种子留在床内。在水稻育秧期外，也可在床地上种植蔬菜等，以提高苗床地的利用率及有利于床地的固定使用。
