有机肥料和化学肥料一样，施用不当和过量施用，同样会带来硝酸盐淋失、温室气体排放等生态风险。目前，西方一些发达国家已经通过立法的形式来控制和指导农田有机肥料的使用。近些年，我国规模化养殖业迅速发展，畜禽粪便中重金属、抗生素等含量增加，有机肥料的安全性也存在隐患。
根据国家农业部的调查表明，我国的土地污染尤其是耕地污染越来越严重。目前全国受污染的耕地约有1.5亿亩，污水灌溉污染耕地3250万亩，固体废弃物堆存占地和毁田200万亩，合计约占中国耕地总面积的1/10以上。全国每年因重金属污染的粮食，就达到1200万吨，直接经济损失超过200亿元。专家指出，造成这一现象与我国有机肥料无节制施用和我国肥料的低利用率直接相关。
