日本人多、山多、农田少，虽然能源资源匮乏，但却有着较丰富的可再生能源资源，而且利用推广越来越广泛。生物质能主要来自农作物秸秆和畜禽粪便，农作物秸秆一般一部分被用来还田，另外一部分被直接用于燃烧发电。1999年全日本农作物秸秆约5000万吨，畜禽粪便排放量9400多万吨，作为能源的利用量达200万吨油当量，全部用来发电，总发电量近100亿千瓦/时。畜禽粪便主要通过堆肥发酵的方式加以处理，然后用于还田。对于不同类型的畜禽而言，粪便处理的方式略有不同。肉用牛和鸡粪将被直接用来进行堆肥，经过发酵和干燥等处理以后，作为还田的有机肥料。而奶牛和猪粪将首先采取固液分离的措施将固体粪和尿液分离，对于固体粪将使用与肉用牛和鸡粪相同的堆肥处理方法，并最终以有机肥的形式还田；而对于液体尿水，则通过暴气式好氧处理方法，使其达到废水排放标准，而最终排放到附近的河流或湖泊中。在日本之所以广泛采用堆肥方式处理畜禽粪便，主要是得益于以下几个方面好处：（1）畜禽粪便在堆肥过程中，由于微生物发酵产生60——80度的温度，可以有效地消灭畜禽粪便中各种病原体和寄生虫卵的存活；（2）经过堆肥发酵后，粪便中可以产生一些有利于植物生长的物质，从而防止农作物生物生育障碍；（3）堆肥发酵过程中所产生的热量，可以杀灭畜禽粪便中杂草的种子，避免施用以后杂草的孳生；（4）经过合理有效的堆肥处理，还可以减轻粪便的恶臭对空气的污染，并且便于长途运输和储存。（5）堆肥后粪便中的有机质极易分解，因此可以降低施用后对地下水所造成的污染。为了大规模实施畜禽粪便堆肥化处理，1999年以来日本政府特别是农林水产省相继制定了一系列法规和政策。
