菌肥施入土壤后，能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件。土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但并不是施得越多越好。这是因为，氮、磷、钾才是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些营养很少，它的作用是解磷解钾，防止死棵。因此当土壤中营养元素缺乏时，即使使用菌肥再多，农作物的产量也不会再增加。只有向土壤中补偿缺少的养分后，农作物才会茁壮生长，产量才能增加。另外，当施肥量超过最高产量施肥量时，作物的产量便随施肥量的增加而减少，生产投入成本增加而收益却减少，在经济上也不合算。因此，不可盲目大量施用生物菌肥，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定施肥量，才能达到增产增收的目的。
