在果园施肥中，有些果农不会合理施用生物菌肥，觉得效果不明显，失去用肥的信心。现提出在施用中应注意的两方面问题：一是在施用生物菌肥的沟或穴，严禁用未腐熟的人、畜粪等水肥物直接浇灌；尽量不要把生物菌肥与速效氮肥如尿素、碳酸氢铵混配施用，以免杀伤生物菌，降低肥效。二是在墒情尚好，且温度较适宜时使用。温度低于5℃时，生物菌肥与有机肥和大量元素肥复合肥配施，能发挥最大的效能。
果园施用生物菌肥，一方面能提高肥料的利用率，减少投资成本；另一方面能改善土壤团粒结构，增强土壤微生物有益菌数和活性，提高土壤蓄水保墒能力，给果树根系生长创造良好的环境，使果树健壮生长，抗逆性增强。
