据了解，我国近两年每年生产的10万吨生物柴油，一部分销售到企业所在地区的加油站，还有一部分出口海外。在我国能源紧缺的情况下，生物柴油不在国内市场销售而寻求海外市场，主要是由于生物柴油的原料价格远远高于以石油为原料的矿物柴油，只有出口才不赔本。
生物柴油产业化面临的主要问题是成本。据科技部中国生物技术发展中心研究员邱宏伟介绍，生物柴油平均制造成本的75%是原料，其中，以地沟油为原料生产生物柴油的成本为每吨3500元、棕榈(主要依赖进口)成本近5000元、油菜籽成本为5000多元，麻风树果实成本为4000元左右。相比之下，以石油为原料的矿物柴油的原料、加工的实际成本仅为每吨3500元左右。
邱宏伟认为，以油料作物、油料林木果实以及废餐饮油等原料生产生物柴油，不仅可以缓解我国能源紧缺，保障国家的能源安全，还可以促进农民增收，减少餐饮废弃物对环境的危害，需要国家出台相应的扶持政策。
目前急需解决的是专供生产生物柴油的油料作物的规模化种植、收购补贴，这需要政府规划、财政出钱。我国适宜种植油菜籽的地区有666万公顷冬闲田，如果这些冬闲田得以利用，再通过相关配套措施让农民种上适合生产生物柴油的油菜品种，生物柴油的原料成本就可以相应地降下来。此外，城市地沟油收集的网络化建设，油料林木作物的推广等也需要政府的统一规划。这样，生物柴油原料成本的降价空间就会打开，生物柴油的产业化进程才会加快。
邱宏伟认为，国家推动车用乙醇汽油的使用已推出一系列措施，很多地方都用上了乙醇汽油，如果生物柴油达到一定的产业化规模，这些措施也可用于推动生物柴油的使用。
