不选有腐蚀性作用的肥料。碳酸氢铵、氨水具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成伤害，一般不宜作种肥。可将这类肥料施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂杂肥混合施用。
不选有毒害作用的肥料。尿素在作物的生长过程中，常生成少量的缩二脲，该物质的含量若超过2%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，影响种子发芽。
不选含有害离子的肥料。氨化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对种子发芽有影响。
不选强碱性化肥。窖灰钾肥、钢渣磷肥等强碱性肥料也不宜作种肥。窖灰钾肥含钙较多，吸湿性强，吸水后变成熟石灰，放出大量热量，易烧坏种子和幼根。须作种肥时，必须与有机肥混合，施入播种沟穴内。再播种覆土，可避免危害。
不选未腐熟的农家肥。农村常用厩肥、人粪尿水等农家肥作种肥，如果肥料未腐熟，在发酵过程中释放大量热能易烧伤根系，释放氨气灼伤幼苗。所以未腐熟的有机肥不要施用，经过堆沤高温发酵，充分腐熟后才能做种肥。
