有机农业生产中有机肥是必不可少的一种生产原料，但是不同的肥料的养分含量和性质差别很大，在施用时有机种植户必须注意以下事项。
1.有机肥料除直接还田的作物秸秆外，一般需要经过堆沤处理，使其充分腐熟之后才能施入土壤，特别是饼肥、鸡粪等高热量的肥料尤其要注意这一点，以防烧苗。
2.人粪尿是含氮量较高的速效有机肥，适合作追肥使用。在施用前要经过无害化处理，而且要看作物施用，如在忌氯作物上施用过多，会导致品质下降。长期单一施用人粪尿的土壤必须配施一定量的厩肥、堆肥、沤肥等富含有机质的肥料，以保证土壤养分的平衡供应。
3.堆肥、沤肥、沼渣肥等含有大量的腐殖质，适合培肥土壤。但因其中还有大量尚未完全腐烂分解的有机物质，所以这些有机肥宜作基肥施用，不宜作追肥施用。
4.用秸秆或山草作有机肥料时，一是要提前施用；二是要切断施用；三是要配合一定数量的鲜嫩绿肥或腐熟人粪尿施用，以缩小碳氮比和满足微生物繁殖时的氮素之需，并在早期补充磷肥；四是要同土壤充分混匀并保持充足的水分供应；五是土壤一次翻压秸秆或山草的数量不能太多，以免在分解时产生过量有机酸对作物根系造成危害；六是不能将病虫害严重或污染严重地带的作物秸秆或山草直接还田（可堆沤发酵后还田），以免造成病虫蔓延或土壤污染。
5.草木灰含有5%-10%氧化钾，呈碱性，不能同腐熟的人粪尿、厩肥混合施用或贮藏，以免降低有机肥效。
6.泥炭又称草炭或泥煤，富含有机质和腐殖质，但其酸度大，含有较高的活性铁和活性铝，分解程度较低，一般不直接作肥料施用，常用作基肥或牲畜的垫圈材料。
7.腐殖酸类有机肥在瘠薄的土壤中，叶菜类，块根、块茎类和禾本科作物上施用效果好，而在油菜、棉花和菜豆等作物上施用效果较差。
有机农业生产中，只有做到对症下药才能保证有机肥的合理高效使用，提高效益成果的同时做到不浪费、不影响生态环境。
