在国家863计划支持下，我国农作物育种技术进展顺利。
（1）航天育种技术。从粒子生物学、物理场生物学和重力生物学等不同角度研究了航天环境各因素的诱变特性，初步建立了“多代混系连续选择与定向跟踪筛选”的空间诱变育种技术。进一步优化了高能粒子辐照、物理场处理等地面模拟航天诱变靶室设计与样品处理程序，使得样品批处理效率大大提高；比较分析了高能粒子诱变与γ射线诱变的差异，探讨了高能粒子诱变小麦的分子生物学机制，完善了地面模拟航天育种技术方法，开创了地面模拟航天环境诱变作物进行遗传改良的新途径。
（2）杂种优势利用技术。超级稻育种理论与技术不断完善，研究成果保持国际领先；制定了杂交小麦制种技术规范，二系杂交小麦生产技术体系进一步实用化；首次培育出抗草甘膦除草剂的陆地棉种质系—R1098，可有效用于杂交棉生产和育种；切叶蜂繁殖技术获得突破，杂交大豆制种技术体系进一步完善；实现了玉米杂交种全不育化制种，树立了通过三系配套技术培育玉米杂交种的典范；建立了 “纯合两用系、临时完全保持系、恢复系”三系授粉控制系统，解决了杂交油菜制种技术中的世界性难题；大白菜核基因雄性不育性遗传规律及不育系转育研究取得重大突破，成功指导育种实践。
（3）分子标记辅助育种技术。发掘出32种抗病、抗逆、品质等重要性状基因的紧密连锁分子标记或功能标记110个。奠定了大规模开展分子标记辅助育种的技术基础。应用分子标记辅助育种技术与常规育种技术相结合，显著提高了农作物定向选育水平，成功选育出优质抗白叶枯病高配合力恢复系中恢8006，育成了兼具高抗白叶枯病、抗稻瘟病、白背飞虱和褐飞虱、且全部米质指标达到国标1级米标准的优质中晚籼兼用型新品系中组14。创制出聚合了水稻白叶枯病基因Xa21、Xa7和抗虫Bt基因的多基因品系；育成6个聚合高产、优质(Bx14和Dx5)和抗条锈病(YrQz)基因的稳定品系。
