土壤药剂熏蒸是防治根结线虫和土传病害的一种有效方法。但也有个别菜农在进行土壤药剂熏蒸时因方法不当，导致棚室内的病虫害未能得到有效控制。因此在进行土壤药剂熏蒸时应注意以下几点：
1、熏蒸时间要及时。土壤熏蒸要选择在前茬作物收获后立即进行效果最好。此时根结线虫大多聚集在土表，更容易集中杀灭。否则等病虫害迁移到土壤深层后再进行土壤消毒会降低效果，导致有些病菌侥幸逃脱，来年再次大发生。
2、药剂选择要得当。市面上出现的土壤熏蒸剂主要有：溴甲烷、棉隆、氯化苦、二氯丙烯、硫酰氟、威百亩等，这些药剂都对真菌、细菌、线虫都具有一定的防除作用，但很多都是剧毒高毒的产品，对人畜不安全，所以建议选择高效低毒环保的复配型液体土壤熏蒸消毒剂农药使用，如：地乐尔、阿巴撒等。
3、环境条件要适宜。用土壤熏蒸剂消毒，杀菌（虫）机理大都是：将化学药剂施入土壤后由原来的液体或固体变成气体，气体在土壤颗粒间扩散，杀死土壤中能引起植物发病的病原有害生物，从而起到防病的效果，因此要求：①土壤的通透性要好。壤熏蒸前将待处理的地块翻土20－30厘米。②土壤湿度适宜。一般情况下土壤含水量在40%－70%时土壤熏蒸效果最好。③土壤温度合理。理想的温度可使有害生物处于“活的”状态，便于熏蒸剂更好地发挥作用。通常理想的土温是15厘米地温15－20℃。
4、熏蒸后要防再传染。熏蒸剂只是把土壤中现有的病虫害消灭了，不存在持效期，对再传入的病虫害无能为力。熏蒸后很快又发现线虫等病虫害的地块，可能不是没熏好，而是病虫害卷土重来再度侵染所致，如苗子带病虫。有的则是熏后有雨水冲入带病虫的土粒、棚外病虫随鞋带入等，这些都要注意，要尽量切断线虫再传入的渠道。
5、熏后翻土不要过深：如果熏后翻土比熏前翻土深得多，甚至熏前不翻熏后深翻，就会把深层没熏死的线虫等病虫害翻上来。
6、熏后补充有机肥：土壤消毒熏蒸剂不仅将有害生物杀死，也将有益生物杀死，所以消毒过的土壤在施肥方面要增施生物有机肥，补充有益生物的数量。
