旱育秧从苗期开始直到抽穗期都可能发生恶苗病，其危害之长，发病程度重。在水稻一生中有秧苗期、本田分蘖期和拔节孕穗期3次发病高峰。
秧苗期发病一般于4叶期以后各叶龄期陆续发生。病苗叶身叶鞘异常伸长，叶枕距明显拉大、苗细、叶色较淡。
种子带菌是引发恶苗病的主要病源，凡使用带病田的种子，秧田本田发病率明显提高。因种子药剂处理不当、浸种催芽不当也会造成感染。另外，恶苗病的发生与品种抗性、土壤状态、催芽长短、盖膜时间长短和膜内温度有关，同一地点同一品种旱育秧的恶苗病发生明显重于其他育秧方式，主要是旱育秧的苗床具有良好通气性和较高温度。恶苗病在30—35℃之间发病率最高，高于40℃或低于25℃发病较轻。
病源、品种的感病性和引发病害发生的环境，是发病的必备条件，三者缺一病害便不会发生。因此，防治对策必须走综合防治途径：
(1)消灭病源，切断感染途径。具体措施有：严格进行种子消毒，浸种不催芽，避免在重病稻田育秧。
(2)选用抗病品种。
(3)控制发病环境条件。播种后加强盖膜期间的苗床管理，控制膜内温度，缩短苗床盖膜时间，提高秧苗抗性。
(4)药剂处理。旱育秧的稻种必须用药剂浸种，且要增加用药量；浸种后不可淘洗，播种后再用402液床面消毒。
