土壤湿度土壤含水量过大或不足会影响生物菌肥的施用效果。因为生物菌大部分是好氧菌，土壤见干见湿时生命力最活跃。施用生物菌肥后注意合理浇水，选择晴天上午浇小水，不仅提高地温，还能通风排湿。
土壤温度生物菌一般在土壤18℃-25℃时生命活动最活跃，15℃以下生命活动降低，10℃以下活动能力微弱甚至休眠。冬季大棚蔬菜施入菌肥后注意调控地温，首先控制好棚内气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天保持在25℃-30℃为宜，夜间为避免地温散失，除采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
土壤酸碱度土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌生长繁殖。土壤pH值在6.5-7.5最适合生物菌繁殖，菜农可根据土壤情况改造，保证生物菌大量繁殖。施用生物菌肥后注意增加土壤有机质，增施有机肥。生物菌肥作用靠生物菌分解土壤中有机物实现，如土壤中有机肥施用不足，则分解不出养分。蔬菜定植前一定注意施足有机肥，一般每亩施用5000公斤左右。
