腐植酸钠主要是配成溶液后浇施、拌种或做叶面肥。其中，配成0.05%-0.1%浓度后做基肥，亩施200-250公斤，最好与农家肥拌施；做追肥亩施150-200公斤，随水施用或浇施作物根旁。种植前浸种或叶面喷施的浓度为0.05%-0.5%，浸种时间一般为5-10小时，水稻、棉花为24小时；叶面喷施宜在开花后至灌浆初期进行，共喷2-3次。
腐植酸铵的施用方法和用量与腐植酸钠相同，只有土壤水分充足、灌溉条件好的地方，才能充分发挥肥效。
含腐植酸水溶性的肥料是在腐植酸中添加适量氮、磷、钾或微量元素。在施用方法上，水溶性固体或液体产品主要做叶面肥、种肥或浸种、浸根，一般要稀释800倍左右。大量元素型含腐植酸水溶性肥料也可以用于基肥或追肥，但由于成本较高，施用量有限，应与农家肥和常规化肥配合施用。
腐植酸肥料做基肥、种肥比做追肥好，集中施比撒施好，深施比浅施好。同时腐植酸肥料不能完全替代无机肥和农家肥，必须配合化肥、有机肥料施用，尤其与磷肥配合使用效果更好。
各类腐植酸肥物料投入比不同，制造方法不同，养分含量差异很大，在施用时需掌握适宜的浓度。
腐植酸钾、腐植酸钠多为激素类肥料，施后天冷见效慢，天热见效快，如果温度适宜，18小时就会见效，如果温度高于38℃，会加速作物的呼吸作用，降低干物质积累，造成减产，应停止施用或减少施用次数及用量。
