从外包装上判断
一是检查包装上是否有农业部颁发的微生物肥料登记证。由于生物有机肥是一种具有特殊功能的肥料，产品登记是在农业部微生物肥料登记中心进行，并由农业部颁发肥料登记证。不像复混肥、普通有机肥是在各省的农业厅土肥站进行肥料登记，颁发的是省级肥料登记证。证号登记方式为“微生物肥（登记年）临字（编号）号”或者“微生物肥（登记年）准字（编号）号”。
二是检查包装上是否标注有效活菌数。如果没有，就是假冒伪劣产品。
三是检查包装上是否标有产品生产日期和有效期。因为生物有机肥料中的特殊功能菌种是活的、有生命的，随着产品保存时间的延长，特殊功能菌种的有效活菌数会不断减少，所以产品有效期标得太长是对用户不负责。
四是看包装上是否有“NY884-2012生物有机肥”标准。生物有机肥和普通有机肥料的产品执行标准不同，前者是NY884-2012（代替之前的NY884——2004），后者是NY525-2012（代替之前的NY525——2002）。
五是可以去农业部种植业管理司相关网站进行查询。
对于经销商来说，还可以从产品检验报告书检查生物有机肥的真伪。首先是查看该批产品检验报告上产品名称、检验依据、技术指标等与包装标识是否一致，一定要查看“监督检验”报告，而不是“委托检验”或者是生产企业自己出具的检验报告。
看产品是否均匀
生物有机肥料的关键作用是靠具有特殊功能的微生物菌种实现的，产品含水量太高或太低都不利于菌种的存活，所以从含水量参考判断比较直接。抓一把肥料在阳光下观察物料是否阴潮，抛起来看看是否起灰尘。肥料潮湿呈团状，或者干燥呈灰状都是不合格产品。
生物有机肥料中添加的载体应该是由多种有机营养物质组成的“套餐”，既然是多种原料组合，在光线下观察就应该能够看到多种原料的痕迹。一般产品的成分中含有植物秸秆（如玉米芯、豆粕等），仔细观察可以看到原料的真实成分，部分原料有特殊气味。
看产品是否有效
生物有机肥料的关键作用是通过具有特殊功能的微生物菌种实现的，假如产品中没有这些具有特殊功能的微生物菌种或其含量不高、能力不强，施用效果可想而知。笔者根据实验室的经验设计了一套简单的鉴别方法：
第一步，取少量产品加一点自来水调成面团状，放在冰箱里结成冰块，第二天再在太阳下崩解，这样经过至少三次反复冻融，肥料中的菌种将会冻死（细胞结冰、形成冰针刺破细胞），数量将会大幅度减少，通过菌种所起的作用就基本消除了。
第二步，将原产品与反复冻融过的两种肥料、粪便在相同的田块或小盆钵中，定期观察比较两者差异，如果差异不明显，则说明该生物有机肥产品中的“特殊功能菌种”的能力不强或者数量不够，甚至没有。
