因地制宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不撒施，用喷雾的方法效果更明显。
因温制宜施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃或高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
因混制宜不可将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合施用，因为这些药、肥容易杀死生物菌。可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合用。还应防止与未腐熟农家肥混用。
因量制宜对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不能减少。
因时制宜生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。
