总体来讲，柑桔贮藏期的病害主要有青（绿）霉病、炭疽病、蒂腐病、黑腐病、干疤病等。
青、绿霉病
它是柑桔贮藏期的主要病害。这两种病的病状基本相同，即初期为水渍状淡褐色圆形病斑，病部组织湿润柔软，用手指按压病部果皮易破裂。病部先长出白色菌丝，很快就转变为青色或绿色霉层。以后病部不断扩大，致全果腐烂。而不同之处在于：青霉病是蓝色，白色霉层带很窄、腐烂速度较慢，烂果不粘包果纸，有发霉气味。绿霉病是蓝绿色、白色霉层较宽，腐烂速度较快，紧粘包果纸，有芳香气味。
炭疽病
炭疽病在贮藏果实上症状有干腐型和软腐型两种。干腐型病斑常发生在比较干燥条件下，病斑褐色，略下陷，边缘明显，病斑中部常散生黑色小粒点(病菌的分生孢子盘)，病部只限于果皮，瓤囊一般不受害。软腐型病斑常发生在潮湿条件下，病斑暗褐色、圆形、软腐，其上生有白色菌丝层和朱红色小液点（病菌分生孢子堆）。
蒂腐病
这种病最初由蒂部开始发生，随后蔓延至果实中心柱，引起中心柱腐烂，故也俗称“穿心烂”。它又分有黑色蒂腐病和褐色蒂腐病两种。
黑色蒂腐病（又称焦腐病）的症状是病斑最初由蒂部或蒂部附近发生，淡褐色、水渍状、无光泽而后迅速扩展至全果，以后变为暗紫色，软腐，极易破裂。病斑边缘有呈波浪状，常溢出褐色汁液。病菌很快从果蒂向果心蔓延，直达脐部，造成“穿心烂”。
褐色蒂腐病是柑桔树脂病的一种发病症状，最初由蒂部发生，初为圆形水渍状淡褐色病斑，后期病部呈橄榄色，革质，手指按之不破有韧性，同时很快从果蒂向果心蔓延，直达脐部，所以俗名“穿心烂”。病果肉和种子呈红褐色易与中心柱脱离，种子粘附中心柱上，病部常散生许多小黑点(病菌的分生孢子器)，病果味较苦。
黑腐病
症状是果实多从果蒂开始发病，初时出现水渍状淡褐色病斑，扩大后稍凹陷，黑褐色，病斑边缘不规则。天气潮湿时，病部长出初为白色，后变为墨绿色霉层，腐烂果心也长有墨绿色霉层。
干疤病（褐斑病）
以甜橙果实发病最多，是一种生理性病害，该病发生部位常在蒂缘和果面。前者称蒂缘干疤，后者称果面干疤。蒂缘干疤发生在果蒂周围，病斑不大，红褐色至深褐色，病部略下陷、革质。果面干疤可发生在果面任何部位，初为圆形红褐色小斑点，后逐渐扩大、连片，形成大而边缘不整齐的深褐色革质病斑。
