近年来，西瓜病毒病在西瓜产区普遍发生，造成西瓜减产、品质下降，严重影响西瓜的高产、稳产、优质和高效益，因此，必须采取综合措施加以防治。
1. 选用抗病品种 生产中应尽量选用抗病毒病能力强的品种进行栽培。
2. 浸种消毒 播种或育苗前用55～60℃热水烫种20分钟，再用0.1%高锰酸钾溶液浸种30分钟，也可用10%磷酸三钠溶液浸种20分钟，用清水洗净后播种。
3. 及时防治害虫
①覆盖防虫网。育苗期及大田覆盖防虫网隔离，阻隔昆虫传播病毒。
②及时防治蚜虫、飞虱、叶蝉等传毒害虫。清除田间杂草，铲除害虫滋生地；悬挂黏虫板，诱杀蚜虫、飞虱、叶蝉，附近作物蚜虫发生严重时可铺设银灰色薄膜避蚜，以减少蚜虫迁入；及时喷药防治，对瓜田附近作物及田边杂草上的蚜虫、飞虱、叶蝉等要统一喷药防治，防止带毒害虫在田间传毒，药剂可选用10%吡虫啉乳油1000～1500倍液，或3%啶虫脒乳油1500～2000倍液，或20%甲氰菊酯乳油2000倍液等。
4. 加强田间管理
①优化栽培。冬前深耕，消灭地下害虫；合理轮作，避免重茬，实行大高垄覆膜栽培。
②加强水肥管理。施足基肥，增施磷钾肥，适当喷施叶面肥，注意防旱，适时适量浇水，促使植株生长加快、发育健壮，提高抗病力。
③控制传染。育苗和定植时彻底清除枯枝残叶和杂草，苗期不进行中耕，以减少根部伤口，杜绝根部传染病毒；进行整枝、压蔓、授粉等田间作业时尽量减少损伤，且要按先健株后病株的次序进行，打杈要在晴天阳光下进行，以使伤口迅速干缩；对早期少量发病及后期发病严重的植株要及时拔除销毁；病田里用过的工具要进行消毒；另外，西瓜地不能套作甜瓜，且种植西瓜的地块要远离菜园和甜瓜地块，防止甜瓜、西葫芦上的病毒经蚜虫传给西瓜。
5. 药剂防治 发病初期，用20%病毒A可湿性粉剂500倍液，或1.5%植病灵乳剂1000倍液，或20%盐酸吗啉胍可湿性粉剂500～600倍液，或5%菌毒清水剂500～600倍液防治，每7～10天喷1次，连喷3～4次。
