为了及时掌握实蝇的种群动态，应根据桔小实蝇的生物学和生态学特性，可以通过设立成虫诱测点，田间调查，采集虫果等方法在水果主产区进行监测。
农业措施
同一种水果的种植：在同一地区尽可能种植同一品种或成熟期相近的水果品种，以打断桔小实蝇的食物链。
果园的翻耕：在当年果实采收后，结合冬季清园，翻耕园土1次，以杀死部分在土中越冬的蛹。
果园的清洁：在受害果园里，落果期应及时清除落果，在落果初期每3d清除1次，落果盛期至末期每d1次，同时对树上有虫青果和过熟果实亦应及时摘除，可利用深埋、水浸、焚烧等简易方法杀死虫果内的桔小实蝇幼虫。
果实的套袋：根据不同水果品种，选用相应果袋进行果实套袋，套袋时间应根据不同水果品种的生育期和当地水果种植情况，结合桔小实蝇发生实况而定，红肉蜜柚一般在座果期后开始套袋。实验证明，套袋对防止桔小实蝇的侵入为害效果显著，防治效果可达或接近100%。
物理方法
引诱剂诱杀和引诱剂的改良：采用诱蝇醚等专用引诱剂诱杀桔小实蝇的成虫，也可利用桔小实蝇成虫交尾后须摄取营养进行再次交尾的习性，利用水解蛋白等自制营养毒饵诱杀雄、雌成虫。利用红糖、糖蜜等混合有机磷杀虫剂引诱桔小实蝇在喷洒24h后效果较好。
化学方法
目前对桔小实蝇的有效化学药剂主要是有机磷类和拟除虫菊脂类，40%的氧化乐果等单剂及辛硫磷1：9混剂和辛硫磷乐斯本1：1混剂对桔小实蝇的毒杀活性较高。另外，选用阿维菌素1.8%乳油2000倍液防治效果平均为85.1%，功夫2.5%乳油防治效果为74.6%，敌敌畏80%乳油1000倍液防治为71.1%，高效氟氯氰菊脂4.5%乳油2000倍液防治效果为54.4%，敌百虫80%可溶性粉剂1000倍液防效为40.4%。
技术小结
桔小实蝇的防治应该在诱杀雄虫、果实套袋等农业措施的基础上，结合化学防治，充分利用天敌以及不污染环境的生物农药来综合防控。
