一、普通冻藏法。需要进行冷藏的菠菜一般是在夜晚地面上冻，中午又能化冻时采收。采收时带约1.6厘米长的根，抖净泥土，整理捆把，每捆 2公斤左右，放在阴凉处晾掉露水，并使菜体发凉，待天气转冷时冻藏。贮藏场地应选在蔽阴处，整平地面，挖宽、深各3.5厘米的若干条沟，沟间距10-15厘米，将菠菜根朝下摆放入沟，总厚度为25厘米左右。到严寒季节可在上面再加盖草苫等，保持沟内温度为-8~-5℃。
二、通风沟冻藏法。沟宽1.5米、深0.5米，顺沟底挖2条宽25厘米左右的通风道，通风道架杆横铺一层，将菠菜捆摆在架杆上，覆土与普通冻藏相同。天暖时利用通风道交换外界冷空气，天气转冷后用草把堵塞通风道。
三、地上冻藏法。在收获前5-6天，把场地整平，泼一层水，以保证表土不解冻为宜。贮菜时，先撒些菜叶或树叶铺底，然后把菠菜一捆挨一捆地摆在上面，再在菜的四周用菜叶或树叶盖10-12厘米厚即可。当菠菜内部冻结时，再在上面盖10厘米厚半干的沙子，以防叶子失水。
四、合畦冻藏法。选好菠菜生长健壮的地块及合畦冻藏组合，每个组合三畦，其中左一畦和右一畦为起菜畦，中间一畦为冻藏畦。冻藏前，先用铁锨把冻藏畦菠 菜全铲断根，其深度以入土1.5厘米为宜，全铲时不要弄乱菜株。同种方法把左右两畦的菠菜铲起，扣盖在中间的冻藏畦上，叶部朝下，根部向上，3个畦子的菠菜合成1畦。贮藏当天，将合畦表面用土埋严，轻拍，使菠菜上下层之间密合，防止寒风进入，气温过低时，再盖一层 7-10厘米厚的细土，利用此法可贮藏至翌年春分。
五、气调冷藏法。菠菜入库前每立方米用15克硫磺点燃熏蒸库房，封闭24-26小时消毒，放烟后将库温降至-2℃左右。将带2厘米长根， 0.5公斤一捆的菠菜分层摆在架上，在菜温与库温达到平衡时装入规格为100厘米×80厘米的塑料袋中，一般每袋装10-13公斤，库内温度控制在-1~0℃，湿度95％，如袋内有水则应加生石灰吸潮。封袋后靠自然降氧。当袋内二氧化碳分压达到 6％时开袋放风，给全氧。这样反复进行至贮存结束。
