一、选择质量好的红薯进窖。在进窖前对红薯进行筛选，去除带有病斑、刀伤、虫伤以及“胀水土”的红薯，因为这些红薯带有病菌，在窖内很容易造成大面积烂薯。
二、选择适宜的储藏方法。红薯的储藏方法大致有两种，即高温储藏法和低温储藏法。高温储藏法就是在红薯入窖后，烧火升温到35℃-38℃，并保持2-3天，将红薯的黑斑病、软腐病等病菌杀灭。然后再将温度降至10℃-14℃低温储藏。该法效果很好，但成本较高，操作起来较为麻烦。
采用低温储藏法，首先在红薯入窖前一周对薯窖进行消毒。可用70％的托布津1000倍液，或50％的多菌灵800倍液，对窖内进行喷雾消毒。在红薯收获后，可用70％的托布津1000倍液，或用50％的多菌灵800倍液，按1：1比例将红薯浸湿，再捞出晾干入窖。红薯入窖后，窖内温度宜保持在15℃以下10℃以上。
常见的有室内贮藏、井窖贮藏、棚窖贮藏、屋窖贮藏 。贮藏窑的建设应根据各地气候和土质条件进行建设。在南方可以建地上或半地上窑，北方则应建地下窑。
1．室内贮藏 可选择严密而温暖的屋子，搭一炉子用于加温，为方便贮藏应围一个囤子，长度根据屋子大小和贮藏量的多少而定。天气寒冷时，上边再盖一层草帘防寒。
2．井窖贮藏 选择地势高、土质坚实、地下水位低的地方，向下挖一井窖，一般直径1米左右，深5～6米。贮藏室内要垫10～15厘米厚的干沙，上置甘薯。甘薯只能装七成满。
3．棚窖贮藏 一般挖宽约2米，长3～4米，深2米左右的地窖。将甘薯由底向上逐块堆积，应避免甘薯与窖壁直接接触。4．屋窖贮藏 屋窖的结构与普通房屋相似，但墙壁屋顶很厚，四周密封，窗户打开，有加温用的火道，可进行高温愈伤处理。
三、加强储藏期的薯窖管理。红薯在立冬前入窖到第二年开春后出窖，可划分为冬前期、越冬期和立春后三个管理时期。冬前期管理重点是降温排湿。越冬期主要工作是保温防寒。立春后气温经常突冷突热，薯窖的管理主要是加强检查，调节好薯窖内温度，并酌情补充水分，防止红薯糠心。
