一、控温控湿法将适时采摘的有机辣椒轻放入专用鲜贮塑料袋或硅窗袋中，每5-10kg装一袋。入库前应在室温下预冷1-2天，将开始转红、有机械操作的辣椒和嫩椒挑出，放入阴凉的仓室内。堆放时不宜过高过重以防压坏下面的辣椒，最好搭架分层分格堆放。同时，仓室内的温度控制在5℃-10℃，相对湿度控制在85％左右，尤其应注意在春天时，仓室内的温度不能超过8℃，相对湿度不应大于80％。期间做好贮藏检查管理工作，及时挑选出烂果。
二、砂藏法首先选择比较阴凉的地方，挖一宽1m，深1m，长度不限的沟。并将挖出的土培垒在沟的四周，让沟的总深度在1.3m左右。在沟底铺一层3cm厚的选净了的潮湿细砂，后摆一层有机辣椒，撒一层细砂将辣椒盖住，共摆5-6层。然后在上面盖约6cm厚的潮湿细砂，这样可使沟内保持80％左右的相对湿度。最后在沟顶横放竹竿，在竹竿上放草垫。最初在沟顶横放竹竿，在竹竿上放草垫。最初在白天盖上草垫，晚上揭去草垫。但随着沟内温度的下降，晚上可不再揭草垫，且还要逐渐加厚草垫，以使沟内的温度保持在5℃-8℃左右。每隔15天翻动一次，拣选出不宜再继续贮藏的有机辣椒上市销售或自己食用。
三、窖内盖藏先挖一个半地下式的贮藏窖，窖的大小可根据贮藏的有机辣椒量的多少而定。将选好的有机辣椒装入垫有纸的竹筐中，放入窖内，后用湿草席围在竹筐的四周和盖在筐顶。草席干后要及时喷水，使窖内的相对湿度保持在80％左右，温度保持在5℃-8℃。这与砂藏法的要求相同。
用上述几种方法，可使夏收有机辣椒贮藏保鲜2个多月左右，秋种冬收的有机辣椒可贮藏更长的时间，达3个多月。
