冬瓜比较耐贮藏，贮藏适宜温度为10～20℃，相对湿度为85％左右，贮藏方法主要有室内地面堆藏和架藏两种，管理得当贮藏期可达4个多月。
1.采摘
在早晨瓜体温度低时采摘。为防止损伤，避免病菌入侵，宜用剪刀剪藤，留下3厘米长的蒂。雨后瓜体水分含量过高，不宜采摘。搬运、装卸时必须轻搬、轻装、轻运、轻卸，切勿丢滚碰撞，否则容易造成倒瓤损伤，不利于贮藏。
2.选瓜
选择瓜形大而端正、两端大小基本一致、无病斑虫害的瓜贮藏。这样的瓜皮厚肉坚、内部瓜瓤组织结实，水分含量相对少一些，抗病力强，较耐贮。
3.贮室消毒
选择阴凉、通风、干燥房间作贮室。每立方米贮室空间燃烧硫磺5～10克进行熏蒸，密封贮室24小时。也可以用1％～2％福尔马林液喷洒地面、周壁。
4.堆放
地面先铺上一层麦秸或稻草，再堆瓜2～3层。摆瓜尽量使瓜保持在田间生长时的状态，原来卧地生长的要平放，原来是吊着生长的要蒂柄自上直立放。每堆之间留有空道，以通风散热。
5.贮期管理
贮藏期间注意通风换气。晴天敞开门窗，保持室内空气新鲜、干燥、凉爽。天气变冷，室内温度过低时，在瓜堆上覆盖秸秆或稻草，防寒保暖。经常检查瓜堆，发现霉烂瓜及时挑出，防止瓜病蔓延。在贮藏室内用竹竿、木料搭一层层的贮藏架，每层架先铺秸秆再摆瓜。这样可以增加贮窒贮瓜量，还有利于室内通风透气。
