作为蒜种的大蒜，在收获期一定要要等到大蒜的假茎完全变软、蒜叶失绿时再收获。蒜种不同于商品蒜，可以根据当时的行情择时收获，从而达到利润最大化。作为蒜种，辨别蒜头成熟的标志是在蒜薹收获15天后，去蒜田刨一株大蒜，成熟则明显可以看到爆瓣(蒜瓣凸显出来）现象，而且蒜瓣的外皮变薄，此时就可以开始收获。
收获好的大蒜摆放垄间晾晒6～7天，等大蒜的叶子完全变干，蒜株的水分低于30%后，于傍晚或凌晨系把。系把时每20～30头为一把，运到家后，上垛码放，垛与垛的间隙在30厘米以上，利于通风。把全部的蒜拉回后，做到蒜种与商品蒜分类存放。
用作蒜种的蒜垛，应在上垛一星期后进行倒垛，经过 一 段 时间的闷垛，蒜株上的那30%水分回流到蒜梗上，此时的倒垛晾晒正好把那些水分蒸发掉，便于蒜种安全存放到10月大蒜的播期甚至更长时间。
在大蒜收获期，新鲜的蒜头在阳光的暴晒下，会发生灼伤，使蒜头的果肉表皮出现青色或黄斑，这样的蒜不能作为蒜种。还有就是由于存放不当，蒜垛之间不通风，蒜头在高温高湿的环境下，蒜瓣的果肉表面会出现黄点、小肿块现象，俗称“蒜痱子”，蒜瓣一旦出现这种情况也就不能作为蒜种了。
因此，作为蒜种，最好应保留好全株进行存放，存放时应尽量使蒜头向外，只有在阴凉、通风良好的条件下，才能保存好蒜种，为大蒜的优质高产打下坚实的基础。
