近几年，随着南方果树业的不断发展，果树品种的布局和结构出现了新变化，加上近两年气候环境异常，农药使用不够合理，导致果园生态系统发生改变，这使果树病、虫、草、鼠害的防治出现了一些新问题。
一、果树上出现一些新害虫
近年，在南方的柑桔、沙田柚、荔枝等果树上出现一些新害虫，由于对这些新害虫缺乏了解，对其重视不够，或防治技术没有及时跟上，对生产造成较大损失。其中造成严重损失的有下面六种：桔实雷瘿蚊，荔枝花果瘿蚊，荔枝巢蛾，荔枝红头囊螟，龙眼亥麦蛾，龙眼瘿螨。
二、有些次要虫害已上升为主要虫害
近年来，随着果园生态系统的变化，有些以前危害程度不大、极少专门防治的虫害，到目前已演变为需要经常防治的主要虫害。
1、柑桔黑刺粉虱
属同翅目粉虱科，在90年代以前虽有发生，但一般不会造成严重危害。自90年代以来，该虫在南方柑桔产区为害猖獗、暴发成灾，对柑桔的产量、品质影响很大。最近该虫又扩大到荔枝、龙眼、橄榄、芒果等果树上危害。
2、柑桔小实蝇
属双翅目实蝇科，过去对柑桔的危害程度不大。但近年在我省广州、东莞等地的番石榴、杨桃等果树上造成较大危害，其成虫把卵产于果内，每个果有几十到几百个粒卵，大量的虫卵在果内孵化并发育，引起落果。受害严重的果园被害果率可达90%以上。
3、橄榄星室木虱
属同翅目木虱科，是近年来橄榄上最重要的害虫，在福建和广东的橄榄种植区均有发生。其成虫、若虫喜欢聚集在刚抽发新梢的嫩枝嫩叶上吸吮汁液，导致梢、叶黄化枯萎，严重时则落叶、落果，造成减产，树势则严重衰退，不易恢复，甚至出现死亡。据报道，在福建该虫也为害龙眼。
4、堆蜡粉蚧
属同翅目粉虱科。该虫又叫桔鳞粉蚧，以前主要为害柑桔、芒果、菠萝等果树，近年在龙眼上的为害有上升之势。该虫在华南地区一年发生5―6个世代，以若虫、成虫在龙眼的嫩梢、果柄、果蒂、叶柄及小枝上为害，使新梢扭曲变形，果实变小，并诱发煤烟病，影响产量和品质。有报道认为，波尔多液等杀菌剂的大量使用，杀死了该虫的寄生菌是导致其猖獗发生的原因之一。
5、其它虫害
蓟马、茶材小蠹、蚜虫、红蜘蛛、吸果夜蛾等害虫以前对荔枝、龙眼的危害并不大，但近几年危害也相当普遍，有些地方已造成严重危害。
三、有害生物产生抗药性
在果树病、虫、草、鼠等有害生物防治的过程中，由于连续大量使用化学农药，使这些有害生物对常用的杀菌剂、杀虫剂、杀螨剂和除草剂产生了抗药性，使许多药剂防效不断下降，甚至失去了使用价值，增加了对有害生物防治的难度。
从70年代开始，柑桔红蜘蛛便对有机磷类和有机氯类农药，如敌百虫、乐果、氧化乐果、亚胺硫磷、水胺硫磷、三氯杀螨醇、三氯杀螨砜等产生了抗药性。80年代开始至90年代初，一些新的杀螨剂不断问世，如双甲脒、单甲脒、三环锡、三唑锡、苯丁锡、克螨特、溴螨酯、尼索朗、哒螨灵、霸螨灵、甲螨嗪、西斗星、排螨净等。这些杀螨剂在南方柑桔产区推广应用几年后，防治柑桔红蜘蛛，都产生了不同程度的抗药性。目前，柑桔红蜘蛛只有对植物源杀螨剂(如鱼藤酮、茶籽饼)、植物油乳剂(松脂合剂)和矿物油乳剂(机油乳剂、柴油乳剂)等杀螨剂不易产生抗药性。
在我国南方的一些柑桔产区，柑桔潜叶蛾对乐果、氧化乐果、敌百虫、水胺硫磷、毒死蜱等有机磷农药和氰戊菊酯、高效氯氰菊酯等拟除虫菊酯类农药都已产生了抗药性，对灭多威(万灵)、杀虫双等药剂也开始出现抗药性。
在用药水平较高的荔枝产区，尺蠖、卷叶蛾、椿象等害虫对一些拟除虫菊酯类农药和有机磷农药已经产生了抗药性。荔枝霜疫霉病对瑞毒霉、乙磷铝、杀毒矾等杀菌剂也有抗药性现象出现。
果园杂草对除草剂同样有抗药性现象存在。据报道，全世界大约有4500万亩土地出现抗药性杂草。在日本的果园、茶园、桑园施用百草枯5―6年以上，一些杂草即产生抗药性。
四、果树出现“疑难杂症”
一些果树病虫害，目前还没有找到高效药剂或理想的防治措施，成为果树上的“疑难杂症”，这既给农业生产造成重大损失，也成为植保专家面临的难题。
柑桔黄龙病是柑桔的老病害，虽经多年研究，但目前仍然是采取建立无病苗圃及除虫防病等措施进行预防，而一旦发生，则只能砍树烧毁、消灭病源、防止扩散，没有其他更好的办法。正是此原因，造成了柑桔种植面积锐减，产量猛降，有的甚至全园毁灭。
木瓜花叶病是造成木瓜产量锐减、品质变差的主要原因，目前仍缺乏有效的防治方法。
其他有害生物，如香蕉束顶病和花叶心腐病、橄榄星室木虱、板栗瘿、柑桔小实蝇和荔枝龙眼上的吸果夜蛾、茶材小蠹、金龟子及蝙蝠等，都是目前防治难度较大的有害生物。
五、果树用药量及防治费用不断上升
近年来，用于防治果树病、虫、草、鼠等有害生物的农药使用浓度及每年的使用次数都有所增加，农药的使用量及生产成本也随之增大，其原因主要是：
1、由于受全球气候变化的影响，近几年冬天气温偏高，加上南方雨量多、湿度大，很多病虫种类无明显的越冬休眠期，年发生世代增多，发生周期缩短。
2、果树的大面积种植及个体管理模式为有害生物的发生和传播创造了有利条件。果树已从过去的零星种植发展为当前的大面积连片种植，广东省的水果种植总面积已超过1500万亩，而且在同一地区往往栽种多个品种，这就为一些杂性或转移性害虫如金龟子、椿象、尺蠖、吸果夜蛾等提供了丰富食料及传播桥梁，而个体经济的管理模式在病虫防治方面也有不足之处，防治时间不同，甚至有些果园失管，为一些有害生物提供了生存空间及繁殖场所。
3、有些果农对化学农药过于依赖，而对农业、机械、物理等防治措施则应用不多，对化学农药的使用也不够合理，使果园的生态环境遭到破坏，害虫与天敌原有的平衡被打破，导致一些病虫猖獗为害。与此同时，一些农药使用后带来了负面影响，施药后能刺激某些害虫的繁殖，如波尔多液及一些拟除虫菊酯类农药施用后会刺激柑桔红蜘蛛的发生。
4、病虫害对农药抗药性的产生，使果农不得不增加农药的使用浓度和使用次数，如20%三氯杀螨醇和40%水胺硫磷等药剂防治柑桔红蜘蛛时的使用浓度已达500倍以上，而73%克螨特乳油也用到1000倍，甚至800倍。
5、果树的农药使用量逐年增加，防治费用不断上升，如荔枝、龙眼以前每年防治病虫害只需喷5次药左右，现在有些地方要喷8次以上。荔枝病虫害的防治费用以前比柑桔要低，但目前很多地方已大大高于柑桔病虫害的防治费用，这些都是值得注意的问题。
六、农药在果品中的残留及对生态环境的影响
1、水果的农药残留问题
果树在使用农药以后，果品中会有一定量的农药残留。一些先进国家对果品中的农药残留量有严格的标准，我国对各种农药的安全使用及在果品中的允许残留量也制定了一些标准。据了解，有些果农在荔枝、龙眼、芒果、柑桔、杨桃等水果收获前几天仍使用一些高毒、残效期长的有机磷或氨基甲酸酯类农药，这必然造成果品中农药残留量超标。为了人民群众的健康，也为了把我们的优质水果打入国际市场，必须重视农药的残留问题，严格按照农药的有关安全使用标准进行用药。
2、果园有益生物在减少
以前在果园中经常可看到一些捕食螨、草蛉、瓢虫以及寄生蜂、青蛙、蛇、寄生菌等各种各样的有益生物，他们正是果园有害生物的天敌，起着控制害虫种群的作用，但随着化学农药的大量使用，这些有益生物的种类和数量越来越少，对有害生物的控制作用也越来越来弱。
3、污染水源，杀死水中生物
每年用于防治病、虫、草、鼠等有害生物的数以万吨的化学农药在使用后随着雨水或灌溉水流向了鱼塘、江河和湖海，不仅对鱼、虾、青蛙等水中生物直接造成伤害，而且通过杀死水中浮游生物等微小动物，减少一些肉食鱼类的食物而构成了间接损害。
4、农药残留累积，影响作物生长
有些农药使用后在土壤中积累影响下茬作物生长。如多效唑作为植物生长抑制剂，用量过大，对作物第二年的生长还会有影响。另有一些残效期长的除草剂，如虎威，对大豆田的单、双子叶杂草都有很好的防效，但若用量过大，则对下茬作物如稻谷、高梁、甜菜、玉米和小麦等有影响。
5、农药通过生物界的食物链关系逐步浓缩积累，危害人体健康
如50年代美国旧金山以北的明湖由于多次使用DDD防治蚊类，湖中浮游生物DDD含量为水质中含量的265倍，小鱼组织内的DDD含量约为浮游生物的500倍，而肉食鱼类脂肪中的DDD含量则为8.5倍。
