柑橘果树修剪，应依据其生物学特性，采取相应的方法。
除了枝叶与根系生长的相关性，顶端优势，分枝角，顶芽自剪和树体结构等以外，修剪的依据还有以下几点。
一、复芽：
柑橘的芽是复芽，每个腋芽里都有几个芽，其中最先抽出的芽是主芽，其余1～3个后萌发或暂不萌发的芽叫副芽。有些品种（品系）在条件适宜、营养充足时，副芽可与主芽同时抽生，即1个叶腋里抽生2～3个丛生枝。主芽抽生的新梢受机械损伤或人工抹除后，可刺激副芽或邻近叶腋中未萌发的芽抽生。复芽的这一特性是修剪中抹芽放梢的基础。
二、潜伏芽（隐芽）：
在枝条上未萌发的主芽或副芽长期在树皮内潜伏生存的称潜伏芽。其萌发力弱，寿命长，可在主干或大枝上多年隐伏而暂不抽生，且始终保持着形成时期的生长势，枝干年龄愈老，潜伏芽的生长势愈强。在枝干受到损伤、折断、刻伤或重缩剪等刺激后，即可萌发。萌发的新梢具有形成时的较强长势，能更新复壮树势，是修剪中更新复壮的依据。
三、芽的异质性：
在枝条不同位置上生长的芽，由于发育时间先后和营养状况的不同，芽的质量也不相同，这种现象叫芽的异质性。枝条先端的芽有顶端优势，芽很饱满，易抽生强枝。中部芽发育中等，只能抽生中、短枝梢。基部芽发育不良，多为瘪芽，生长势弱，只能在重短剪刺激后才能萌发。芽的这种异质性，可以通过修剪而改变，如摘心，可以使中部的弱芽变成壮芽，侧芽变成顶芽；刻伤可以刺激基部瘪芽萌发等。
四、分枝级数：
柑橘实生苗或嫁接苗从小到大，从生长发育到衰老更新过程，都是通过树冠枝梢不断分生新梢而完成的。分枝级数通常称主干和中心主干为零级，着生在零级上的枝为一级，着生在一级枝上的分枝为二级，……依此类推。随着分枝级数的增加，新梢的生长势逐渐减弱。分枝级数低的枝条上抽生的新梢比分枝级数高的枝条抽生的新梢生长势旺盛。不同分枝级数枝条上的芽和新梢，具有不同强度的生长势，即使是潜伏芽，这种生长势强度的特性也能永久保持。修剪中运用摘心、短截，使幼树加快分枝，提高分枝级数，缓和枝梢生长势，可提早开花结果。对衰老树短截或回缩修剪，保留了分枝级数较低的枝条，抽发的新梢生长势旺盛，从而起到更新复壮的作用。
八、叶龄和绿叶层：
要使柑橘优质、丰产、稳产，应通过对树体的整形修剪，结合其他栽培管理，使树体有最大的有效叶面积，同时分布匀称，受光好，合成营养物质多。
柑橘叶片的寿命较长，管理正常的柑橘植株叶片的叶龄可达2～3年。幼叶生长期无光合作用能力，待叶色转绿后，叶片合成养分的能力迅速提高，至翌年叶片的光合作用又逐渐减弱，但还有一些光合作用能力，积累一些养分供树体生长结果，修剪时应尽可能多地保留老叶片，以利于生产，特别是幼树，剪除大多的叶片会严重抑制树体营养生长。
绿叶层的厚薄与树冠内部的光照强弱有关。绿叶层厚度多为1～1.5米，此时如树冠顶部的光照强度以100％计，则树冠内部光照强度降低至20％以下时，就很少再抽生新叶片，而成为无效区。经合理修剪，阳光能进入内膛，使内膛能抽发新叶，增厚绿叶层，增大结果体积，增加产量。
修剪时虽剪除了部分枝叶，却促进了抽生新梢和新叶，使树体生理功能旺盛，光合效率增加，且树冠新老叶片比例改变，新叶增加，制造养分增加，从而有利于果实发育。
