目前推广的超级稻品种（组合）因为生育期比较长，对氮肥需求多，加上农民平常对钾肥施用太少，有些品种和组合在遗传上具有粳稻血缘，所以，和其他水稻品种比较，超级稻容易感染水稻纹枯病、稻瘟病和稻曲病。超级稻种植密度偏稀，前期田间裸露面积大，杂草生长迅速；后期生长繁茂，容易忽视对稻飞虱的防治。现将水稻纹枯病、稻瘟病和稻曲病，以及杂草和稻飞虱的防治办法介绍如下：
1、抛秧或移栽5～7天，结合追肥，在抛秧大田肥料中每亩拌入抛秧一次净40克，在移栽大田肥料中每亩拌入50%瑞飞特50毫升，分别均匀撒施于大田，可以防除杂草。如果杂草继续生长，还可按上述方法使用1～2次。
2、在分蘖高峰期至分蘖末期每亩喷施5%锐劲特20毫升+30%爱苗15毫升或5%井冈霉素50克，对水稀释1500倍，一般每亩喷施药液30公斤。可以防治水稻纹枯病、水稻叶瘟病和螟虫。
3、在孕穗末期（破口前3～5天）和始穗期，分别施用1次30毫升爱苗，对水稀释1500倍，一般每亩每次喷施45公斤药液，可以防治稻曲病、纹枯病和稻瘟病。如遇雨天，也要抢在落雨间隙喷药。
4、在抽穗后，视稻飞虱发生情况，每亩可用3克5%阿克秦，对水稀释1500倍，一般每亩喷施药液45公斤，可防治稻飞虱。还有许多方法可以防治稻飞虱，视虫情发生量防治1～2次。
超级稻其他病虫害可以参照一般水稻病虫害防治方法一起综合防治。
