根系是红肉蜜柚重要组成部分。它的主要功能是从土壤中吸收水分和营养，同时贮藏某些有机营养物质。根系深入土中有固定树体的作用，还能发生根蘖，起繁殖和更新作用。根系由主根、侧根和须根组成。须根一般无根毛，与土壤中的真菌共生形成菌根。真菌代替根毛吸收土壤中的水分和养分，真菌从根上得到有机养分，在氧气充足的土壤中活动力强，从而形成红肉蜜柚根好气的生长特性。因此，培育深、广、密的强大根系，是红肉蜜柚树体栽培的重要任务之一。
(1)根的分布
高压繁殖的柚树，其根系一般由枝条的不定根形成，称为自根树。实生苗根系是由种子的胚根生长形成的，由嫁接繁殖的柚树是利用砧木的根系；由胚根垂直向下生长形成主根，在主根上着生许多侧根。侧根与主根间形成的角度，一般愈接近地面的侧根角度愈大，几乎与地表平行，故称水平根。愈向下垂直生长的根系，几乎与地表垂直向下生长，称垂直根。
压条繁殖的植株与实生柚树比较，没有明显的主根。在骨干根及侧根上着生许多细小的一次根或多次根，统称须根。柚树须根很多，分布呈网状。
红肉蜜柚根的分布与种苗繁殖方法、土壤条件、栽培措施密切相关，根系的分布直接影响红肉蜜柚的生长发育。水平根多分布在距地表10～25厘米内的土层，生命力强。如加强栽培管理，则水平根生长多而广，可促进速生、快长、早结果。高压繁殖的种苗以水平根为主，垂直根不明显，根系分布层较浅。如种植在土层深厚、土壤肥沃的洲地或熟化红壤山坡地上，蜜柚根系一般分布深广，营养吸收面大，树势高大茂盛，表现高产、稳产、抗逆性强；如土壤的土层浅薄、底层有硬盘或地下水位高或黏性过强，根系一般分布不深，呈浅盘状，营养吸收面较窄，对土壤温湿度和肥力变化敏感，抗逆性较差，一般表现早结果也早衰，产量低。
幼树的垂直根生长快，尤其嫁接繁殖苗更为明显，常形成徒长性根系，导致地上部直立，植株徒长，而且结果迟。若在幼年树定植后扩穴改土，可提高表层土壤肥力，以后随着树冠扩大而外移施肥，地上部分拉撑枝条，扩大冠围，可削弱顶端直立的生长势，促进水平根迅速生长，实现早产丰产。对成年结果树可深翻改土，并覆盖培土，这样可不断加深土层，改善根系生长条件，保持旺盛的根层，达到高产稳产的目的。
(2)根生长与土壤条件的关系
根的生长与土壤条件密切相关。在一定的土壤湿度条件下，气温达12℃以上时，红肉蜜柚开始生长，当温度达16℃时生长加快，温度23～30℃时生长迅速，达到37℃时生长缓慢。根的生长与土壤水分的关系也十分密切，以田间持水量60%～80%最为适宜。若遇干旱，则影响根的生长，轻则叶片萎蔫，严重的叶片脱落，枝梢春枯，树势衰退，甚至死亡。若水分过多，则造成土壤空气不足，引起闷根、烂根，出现黄化现象，树势衰弱。因此，加强土壤管理，增施有机肥料改良土壤，合理耕作、施肥、覆盖、排灌，调节好土、肥、水、气、热的关系，才能促进根系的生长发育。
(3)根系与枝梢的交替生长
新根的发生需有树体内部有机营养物质的供应，并要在一定的温湿度条件下进行。因此，根的生长受地上部生长发育和外界条件的影响十分显著。
幼年结果树的根系一年中有3次生长高峰、并明显与枝梢生长交替进行。第1次发根高峰在春梢停止生长后、夏梢抽生前，这时外界条件适宜，春梢展叶转色后积累大量有机营养供应根的发生，是全年发根量最多的一次。但若冬季落叶严重，树体营养积累少，春梢抽生弱，叶片薄而小，转色迟，积累有机营养少，新根发生也就少。第2次发根高峰在夏梢发生后、秋梢抽生前，由于温度高，夏梢抽生同时正处果实迅速膨大期，养分消耗大，发根量较少。第3次发根高峰在秋梢停长后，这时秋梢积累大量营养，果实也进入肉质转化期，消耗养分相对较少，发根数量也就多。若幼树肥水充足，每次停止抽梢后，根系都会迅速生长。
成年盛果树根和枝梢的生长与当年结果量密切相差，若当年结果数量多，根的生长减弱，甚至没有明显的高峰。因此，通过控梢、整形、修剪、调节结果量和加强肥水管理，可促进根系、枝梢、花果的均衡生长发育，是实现高产、稳产、优质的基础。
