施肥以农家肥为主，无机肥为辅，增加土壤有机质。农家肥中各种元素含量较全面，常用的有人畜粪尿、厩肥、豆饼、塘泥、垃圾、绿肥、堆肥等。农家肥多以植物残体和动物粪尿作肥料，种类多、来源广、成本低。土壤中有机质主要来源于植株残体及人为施入的农家肥，还包括土壤的微生物。有机质对土壤的形成及肥力有着密切的关系，对土壤的熟化有极大的好处；对土壤的理化特性有很大的影响，土壤团粒结构、透水性、持水性、吸水力和缓冲性等都取决于有机质的含量；有机质中含有大量的微生物活体，同时也是微生物养料和能量的来源；有机质的分解可逐步解放各种元素，使植株获得完全养分，不易缺素；有机质分解的腐殖质酸对根系的生长有刺激作用；有机质是向土壤溶液和大气提供二氧化碳的来源，有机质分解的有机酸在较大程度上影响土壤母质化学风化过程。因此，土壤有机质的含量是土壤肥力的综合表现，提高有机质含量是果园土壤管理的重点。土壤施肥的效果往往不在于施肥的总量，而取决于施用有机肥的比例和绝对数量。丘陵山地红壤果园有机质含量普遍较低，一般为1%～2%之间。
红肉蜜柚正常生长需要各种营养元素，在生产上要求平衡配施各种元素，缺乏某一种元素都会引起树体机能失常，严重时将影响生长、结果和果实品质，甚至造成树体死亡。但是各种元素在树体中含量又必须保持相对的平衡，否则会引起元素失调。以钾与镁为例，在树体中镁虽然含量适宜，但如果钾过量，树体会出现缺镁现象。据研究，元素失衡将加剧汁胞粒化的发生发展，果实粒化、裂瓣症与果实、叶片、土壤养分含量存在一定关系。果实粒化汁胞养分含量(尤其是氮、磷、钾)明显增加，裂瓣汁胞亦呈增加趋势。叶片钾、硼含量与粒化指数呈正相关，土壤有较铜含量与粒化指数亦呈正相差。为了提高果实品质，降低果实汁胞粒化发生率，柚树施肥必须做到以农家肥为主，无机肥为辅，一般要求有机氮占总氮的50%以上。
此外，应重视果园套种绿肥和果园周围山草绿肥的利用。推行果园自然生草栽培是增加土壤有机质最为简便、经济的方法，值得大力提倡。同时，有机肥的施用应结合果园深耕改土时进行，以加深熟化土层。
