深耕结合施用有机肥熟化土壤是从根本上加深熟化土层最有效的措施，是山地红肉蜜柚栽培成败的关键。
深耕可改善土壤结构，使透气性良好，土壤孔隙度增加，容重下降，有利于红肉蜜柚根系的生长发育，并把根系引向深处，充分利用土壤的水分和养分。又由于深耕改善土壤通气状况，有利于土壤微生物的活动，促进了土壤有机质和矿质肥料的分解和转化，增加了土壤养分的有效性。由于通气的氧化作用，可消除土壤中如硫化氢、沼气、一氧化碳等有毒物质。深耕可增强土壤的保水保肥能力，减少病虫害的发生。深耕结合施用有机肥，可促进根系的生长和吸收养分，因此既增加了土壤的养分含量又提高了树体的营养水平，增强树势，促进果实产量和品质的提高。
①深耕改土的方法。红肉蜜柚栽培虽然一般都采用挖大穴或壕沟，分层压埋绿肥等肥料，进行局部土壤改良后定植，但定植穴或壕沟外的土壤仍然未经改良。因此随着树龄的增长，树冠和根系向四周伸展扩大，就必须及时进行深耕扩穴改土，扩大熟化土壤的范围，以满足树冠和根系日益扩展的需要。一般红肉蜜柚定植后2～3年内应在定植穴或沟外逐年进行深耕扩穴改土，一般应力争在定植后第3～5年内完成全国深耕改土工作，以满足树体生长和结果的需要。成年果园虽然在幼年时经过改土，但经长期耕作后，由于有机物的分解，深层土壤会变得日趋紧实，通透性降低，土壤的水、肥、气、热条件日趋恶化，根系逐步老化，土壤肥力下降。此时有必要再次深耕，以改善土壤性状，更新根系，补充养分，促进红肉蜜柚持续高产稳产。
幼年果园深耕扩穴改土一般分年进行。山地坡度较大的果园每层梯田只种一行，改土时首先在树冠一侧的定植穴外扩穴改土，翌年在树冠另一侧定植穴外扩穴改土，然后在梯田内侧改土，改土穴应与两株间定植穴接壤，不要留有隔墙，分2～3年完成全园扩穴改土工作。缓坡地每层梯田多行种植的，可在株间和行间逐年改土。成年蜜柚园由于果园布满根系，应采取逐年局部深耕的方法，不可一次伤根过重，影响生长。
②深耕深度。深耕的深度一般定植穴挖深0.1～1米，幼树扩穴改土深度0.5～0.6米，成年树再次深耕0.4米较为适宜。
③深耕时期。深耕时期与深耕的效果密切相关。一般幼年果园扩穴改土由于伤根较少，对深耕时期要求不严格，而成年树深耕伤根多，对时期要求较为严格。从有利于根系生长来看，深耕改土的时期以在红肉蜜柚根系生长高峰前期进行最为理想。5～6月份土壤温度、湿度和气候对改土断根愈合有利，又是根系旺长高峰，是深耕改土最理想适期；断根愈合快，发根最早，根系生长持续时间长，发根量最多，促根、促梢、促树、促产的效果最好。
④深耕结合施用有机肥和石灰。深耕不结合施用有机肥料，只能暂时改善土壤的物理性状，必须结合施用有机肥，才能达到改良土壤、提高土壤肥力的目的。应充分利用果园周围山草绿肥、栽培的绿肥、枝叶秸秆等粗有机物和饼肥、人畜粪肥等相结合。有机肥的施用量一般每立方米需压埋绿肥等粗有机物50公斤、饼肥5～10公斤或人畜粪肥50公斤、过磷酸钙或钙镁磷2～3公斤、石灰1～2公斤。有机肥应与土壤混合施用或分层压埋，粗有机物宜压埋在较底层，饼肥等优质基肥宜施用在40厘米以上的耕作层上，以提高肥效。
柚树根系最适宜生长的土壤PH值为5.5～6.5。我国南方柚园大部分土壤为酸性土壤，PH值在6以下，土壤过酸不利于柚根的生长，必须施石灰调整土壤的酸碱度。石灰用量应根据土壤酸度大小和质地而定，土壤酸度越大、黏性越大，则石灰用量多，反之则石灰用量少。石灰的施用量一般土壤PH值4.0～4.5时，每1/15公顷每年可施100～150公斤，PH植4.5～5.0的可每1/15公顷施石灰50～100公斤，当土壤PH植上升到5.5时即可停止施用石灰。石灰施用的方法可于冬季或早春撒施于树盘，结合清园施用有机肥时中耕松土，与土壤混匀。调整土壤PH植时，除施用石灰外，在施肥上应多施优质有机肥，不施或少施酸性肥料，综合治理。
