甜椒品种间耐藏性差异较大。一般色深肉厚、皮坚光亮的晚熟品种较耐贮藏。如麻辣三道筋油椒、世界冠军、茄门、MN-1号等。采收时要选择果实充分膨大、光亮而挺拔，萼片及果梗呈绿色坚挺、无病虫害和机械伤的完好绿熟果作为贮藏用果。
秋季应在霜前采收，经霜的果实不耐贮，采前3～5d停灌水，保证果实质量。采摘甜椒时，捏住果柄摘下，防止果肉和胎座受伤；也有使用剪刀剪下，使果梗剪口光滑，减少贮期果梗的腐烂，避免摔、砸、压、碰撞以及因扭摘用力造成的损伤。
采收气温较高时，采收后要放在阴凉处散热、预贮。预贮过程中要防止脱水、皱褶，而且要覆盖注意防霜。入贮前，淘汰开始转红果和伤病果，选择优质果实贮藏。
