转基因植物食品是转基因食品产业中品种最多、产量最大和研究最深入的一个类别。目前国内外已研究开发并商品化生产的主要转基因植物品种有大豆、玉米、水稻、马铃薯、番茄、甜瓜、西葫芦、香石竹、棉花（棉籽）、胡萝卜、向日葵、油菜、苜蓿、亚麻、甜菜、甜椒、辣椒、矮牵牛、番木瓜、芹菜、荷花、黄瓜、拟南芥、大白菜、莴苣、豇豆、裸大麦、烟草及藻类等。按照转基因植物的功能，可分为抗病、抗除草剂、提高环境耐受力、发育调节和改良品质等几个类型。转基因植物害虫难侵抗病转基因植物包括抗病毒、抗真菌、抗细菌和抗虫等转基因植物。抗病转基因植物所采用的基因，一般是其合成产物直接对病原物有杀死或抵抗作用的基因，或者是能够调控植物抗性系统作用的基因。转入这些基因的植物能够抵御病原物的侵害，在种植过程中无需或减少使用农药和杀虫剂，并且提高产量。已培植出水稻、玉米、油菜、白菜、苜蓿、番茄、黄瓜、甜瓜、木薯、马铃薯、甜菜、甜椒等抗病毒转基因植物。据估计，我国每年由于杂草为害而造成的农作物产量损失为10％至20％。在农业发达国家，除草剂已经广为应用，我国应用除草剂的农田也接近1/3。抗除草剂转基因植物能免受除草剂损害，是因为移入的基因产生了能降解除草剂的酶，从而使这些植物产生了抵御除草剂的抗性，或者提高了对除草剂的耐受能力。提高环境耐受力环境的不良条件，如低温、高温、干旱、涝害、盐碱、重金属、有机污染物等，对农作物的生长不利，是造成低产、减产、甚至失收的常见因素。现已研究开发出一批对环境条件具有较高耐受力的转基因植物，它们可以在极端的环境条件下良好地生长。能充分利用环境中的养分，减少使用化肥，提高产品产量，也是转基因植物环境适应能力的一种表现。例如，将某些具有固氮功能的细菌的固氮基因转移到水稻、玉米等作物，可以大幅度减少种植过程中化肥的使用，并增产1至2成。发育调节的转基因植物发育调节转基因植物可以对农作物的发育进行调节，控制它们的繁殖、成熟、品质及花色，实现了人类多年来的良好愿望。例如：众多的农作物是通过授粉进行育种繁殖的。受到自然条件的限制，大多数作物的授粉只能就近或者随机选择，往往造成“近亲繁殖”的现象，导致种子的不断退化。而杂交育种打破了这一自然的育种模式，培育出了优良的杂交种。转基因不育系植物成功地解决了这一问题。已在油菜、水稻、小麦、玉米等方面应用。乙烯是植物果实成熟时重要的内源激素，它控制着果实的成熟及程度。为了延长某些水果和蔬菜瓜果的保鲜期，通过转入控制乙烯合成的关键酶的基因，从而达到控制果实中乙烯的合成量，不仅能按需要减缓成熟过程，甚至可以使果实在自然条件下不能成熟。极大地方便了贮藏和运输。这方面最典型的应用例子就是转基因耐贮存的番茄。转基因植物有保健功能利用转基因植物作为生物反应器，生产各种药用及保健用的活性功效成分，是转基因植物应用的一大领域。已有几十种药用及保健用蛋白的基因被转入植物生产保健植物产品。利用转基因植物生产食用疫苗，可简化传统的医用疫苗制备方法，大大降低生产成本，而且无需经过加工提纯和冷藏保存，使用方便。例如，乙型肝炎表面抗原已在烟草、番茄和马铃薯中合成，并且证实其免疫反应是可行的；最近，还开发出了能预防霍乱的苜蓿苗食用疫苗。
