1.营养不足。玉米穗分化期营养需求量多，此时如果营养供应不足，会导致穗部出现秕粒或缺粒。
2.温度不宜。抽穗前后温度高于
3.水分失调。抽雄前后干旱无雨，会导致雄蕊开花和雌穗抽丝期的前移和后延；阴雨天气，雄穗不能正常开花，有的花粉膨胀破裂或粘结成团失去活力，影响授粉受精的正常进行。
4.密度过大。种植密度过大，导致整体质量差、田间通风透光不良、光合作用低下、有机物质积累少、个体发育不良、穗分化受阻，造成缺行缺粒的发生。
5.病虫危害。玉米病虫发生种类多、为害重，如花粒期常受玉米螟、蚜虫、粘虫、叶斑病和黑粉病等的危害，导致功能叶早衰，病虫侵入果穗，营养供应不足或受阻，造成空秕粒，严重者形成空穗。
6.播种质量欠佳。种子质量差，播种过早、过深或盖土不一致，形成大小苗，小苗往往出现空穗现象。
另外，花期无风或连续大风，品种本身凸尖严重等也是造成缺粒的原因。收获过早，也能造成秕籽增多。
