咖啡病虫害很多，防治必须贯彻“预防为主、综合防治”的植保方针，防治方法主要是改善环境条件和增强作物的抵抗力，防止病原物、害虫的传入和繁殖，消灭已转入的病原物害虫或防止它们的传播和侵染。在上江乡付坝村主要发生过的病害有镰刀菌病和炭疽病，虫害主要是旋皮天牛。
1、咖啡炭疽病的症状：主要发生在叶片、果实、枝条上。叶片感病后，上下表面均有淡褐色病斑，直径3毫米左右，中心灰白色，边缘黄色，后期完全变成灰色，有同心轮纹排列的黑色小点，病斑多在叶缘。枝条感病后产生褐色斑，最后引起枝条回枯，果实感病后形成僵果，果肉变硬，紧贴于种豆上，果皮上有紫色病斑，严重时落果。
防治方法：用1:1:200波尔多液或70%百菌清600—800倍液在发病季节每隔7—10天喷施一次，连喷2—3次。
2、咖啡镰刀菌病为害症状：常见一分枝基部或主干某节，出现皮层褐色病斑，病斑扩大环食树皮干枯，外表出现缢缩状，切开木质部可见深褐色纵条纹，造成叶片凋萎、干果严重、枝干枯死。
防治方法：用80％甲基托布津800—1000倍液或25%多菌灵400倍液喷撒病株及病区周围植株，严格控制该病蔓延。
3、咖啡旋皮天牛为害症状：以幼虫旋蛀茎于皮层呈螺旋状伤痕，为害小苗和大树，由于切断韧皮部和形成层，影响养分运输，造成幼树死亡，中、老树长势衰弱，不能正常开花结果。
防治方法：加强田间管理，人工捕杀幼虫，5月下旬至7月上旬晴天用350倍乐果喷干或用“10份水+6份石灰+0.2份食盐”的混合液涂刷树干老化部分。
