1、与非本科作物3年以上的调茬轮作。大豆地连种多年，严重破坏田间生态环境，土壤通透性差，微量元素与营养元素失衡，土壤微生物菌群结构遭到破坏，致使大豆羞萎病等次生病害逐年加重。因此，有条件的地区进行与非本科作物3年以上的调茬轮作（最好是水旱轮作），以控制羞萎病的发生。
2、采取大垄栽培模式，加强田间排涝。大豆出苗期间低温持续阴雨，低洼地内涝成灾，大豆植株长势弱，抗逆性降低，羞萎病发生严重。应采取大垄栽培模式，选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度。
3、合理施肥，适当增施磷钾肥。采用测土配方施肥技术，适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。
4、辅助进行药剂防治。种子消毒：用40%福尔马林200倍液浸种30分钟，然后冲净晾干播种或用种子重量0.4%的40%拌种双拌种。田间喷药：在发病初期喷施25%咪鲜胺水乳剂250毫升加43%戊唑醇悬浮剂50毫升/公顷、36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂600-700倍液。
