玉米苗发紫通常认为玉米缺磷，表现幼苗生长缓慢，矮缩，根系发育差，叶片不舒展，茎秆细弱；叶尖和尖缘呈紫红色，其余部分呈绿色或灰绿色，叶缘卷曲。孕穗至开花期缺磷，果穗分化发育不良，穗顶缢缩，甚至空穗，花丝也会延迟抽出，容易出现秃顶、缺粒与粒行不整齐、果穗弯曲等现象。低温高湿或干旱田块、早期根受虫害和药害、土壤板结影响根系生长等易发生。
防止玉米缺磷，可在缺磷土壤（速效磷10毫克/公斤以下为极缺磷，10-20毫克/公斤为中度缺磷）增施农家肥或磷肥，折合每亩施五氧化二磷5-10公斤。农家肥、钙镁磷肥和磷矿粉可撒施，重过磷酸钙和磷酸二铵可条施。苗期易缺磷的地块，可用磷酸二铵等水溶性磷肥作种肥，折合每亩施五氧化二磷2-3公斤，在播种前条施于播种沟内，种子不能与肥料接触。玉米营养生长期缺磷，可喷施浓度为1-2%的过磷酸钙、重过磷酸钙或磷酸二铵溶液，或者在植株旁边开沟追施磷肥。
但是玉米植株变紫色不一定都是由缺磷引起的。有极少数杂交种的幼苗即使不缺磷也呈紫红色。还有个别杂交种就是在缺磷的情况下，幼苗也不表现紫红色症状。一般缺磷植株高度低于正常植株，这是判断杂交种玉米是否缺磷的重要方面。
正常苗颜色应该为绿色的玉米品种，幼苗颜色发紫，主要是因为体内糖代谢受阻，叶片中积累的糖分较多，并因此形成大量的花青素苷，使植株带紫色。药害、虫害、栽培管理不当等不利于玉米苗生长、会使玉米苗体内糖代谢受阻的因素，都可能导致玉米苗颜色发紫，应查明原因，有针对性地采取救治措施。
