人工授粉要适时待种株中上部长出雌花时就要进行人工授粉，一般在早晨8时前进行为宜，因为此时花柱湿润，容易黏着花粉完成授粉受精过程。选择种株上开放的雄花，去其花瓣，露出花药，往雌花柱头上一抹即可。授粉后要进行打顶摘心，即在丝瓜生长点以下30厘米左右处掐茎打顶，等到侧枝长出30厘米左右时，再按照同样的方法掐茎打顶，以控制植株生长点部位升高，促生侧枝，控制植株的营养生长，促进果实的发育。棚内如果没有放养蜜蜂，不会造成种瓜的串花污染，就没有必要给瓜条套袋。种株的肥水管理和其他植株一样。留种瓜要根据种株的长势，长势好的每株可留2～3个种瓜，长势差的留一个中部节位的瓜条即可。
采种以后的处理不同长势的种株，种瓜成熟期也长短不一，一般在75天左右。当种瓜长度在80～100厘米，瓜条颜色变为黄白色时即可采收，采收时要带上5厘米长的瓜柄。采收后，把种瓜放置在通风阴凉处自然风干，让其种子慢慢完成后熟过程。
