辣椒种上携带的病毒不能像消灭其他病菌那样被杀死，只能通过一定的药物处理后，使其失去发病的能力。根据辣椒病毒对碱性药物比较敏感，容易被碱性药物所钝化的特点，目前主要使用碱性药物来浸泡种子。常用的消毒碱液有100倍的高锰酸钾药液、10倍的磷酸三钠药液、100倍的氢氧化钠药液等。浸种时，先用温水把种子泡湿，然后再用上述药液浸种20-30分钟。浸种结束后，用清水把种子上的残留碱液清洗干净。
为了杀死辣椒种子表皮病菌及钝化病毒，以达到减轻病害发生的目的，在种子浸种催芽前最好进行种子灭菌消毒。可采取以下方法：
种子放入50℃-55℃热水中，恒温浸种15-20分钟，并不断地搅动，待水温下降时加入热水，使水温保持在50℃-55℃之间，20分钟后加入冷水降到20℃-30℃。
用10％磷酸三钠溶液浸泡20分钟后用清水冲洗干净，种子消毒后，放入25℃左右水中。之后，在室温下浸泡12小时左右，然后进行浸种催芽。
辣椒浸种催芽方法：辣椒种子吸足水分后，用纱布包上，用肥皂搓洗后用清水冲洗干净，沥干水分，或用洗衣机甩干桶甩1分钟，放在瓦盆等容器内，种子上下都要铺盖拧干的湿毛巾，放在火炕或温室烟道上催芽，有条件的可放在恒温箱内催芽更好。催芽的适宜温度为28℃-30℃。为使种子受热均匀，每天要上下翻动两次，上下铺盖的毛巾一定要保持湿润，而且通透性要好。未出芽前，每天要投洗1-2次。经4-5天后出芽可达70％左右，待芽长1毫米时，可择日播种。
